test/jalview/analysis/scoremodels/PIDModelTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.util.Comparison;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class PIDModelTest
  10 {
  11   private static final double DELTA = 0.00001D;
  12
  13   @Test(groups = "Functional")
  14   public void testGetPairwiseScore()
  15   {
  16     PIDModel sm = new PIDModel();
  17     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'A'), 1f);
  18     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'a'), 1f);
  19     assertEquals(sm.getPairwiseScore('a', 'A'), 1f);
  20     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'B'), 0f);
  21     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', ' '), 0f);
  22     assertEquals(sm.getPairwiseScore(' ', ' '), 0f);
  23     assertEquals(sm.getPairwiseScore('.', '.'), 0f);
  24     assertEquals(sm.getPairwiseScore('-', '-'), 0f);
  25   }
  26
  27   /**
  28    * Regression test to verify that a (suitably configured) PIDModel computes
  29    * the same percentage identities as the Comparison.PID method
  30    */
  31   @Test(groups = "Functional")
  32   public void testComputePID_matchesComparisonPID()
  33   {
  34     /*
  35      * same length, no gaps
  36      */
  37     String s1 = "ARFNQDWSGI";
  38     String s2 = "ARKNQDQSGI";
  39     double newScore = new PIDModel().computePID(s1, s2,
  40             SimilarityParams.Jalview);
  41     double oldScore = Comparison.PID(s1, s2);
  42     assertEquals(newScore, oldScore, DELTA);
  43
  44     /*
  45      * same length, with gaps
  46      */
  47     s1 = "-RFNQDWSGI";
  48     s2 = "ARKNQ-QSGI";
  49     newScore = new PIDModel().computePID(s1, s2,
  50             SimilarityParams.Jalview);
  51     oldScore = Comparison.PID(s1, s2);
  52     assertEquals(newScore, oldScore, DELTA);
  53
  54     /*
  55      * s2 longer than s1, with gaps
  56      */
  57     s1 = "ARK-";
  58     s2 = "-RFNQ";
  59     newScore = new PIDModel().computePID(s1, s2,
  60             SimilarityParams.Jalview);
  61     oldScore = Comparison.PID(s1, s2);
  62     assertEquals(newScore, oldScore, DELTA);
  63
  64     /*
  65      * s1 longer than s2, with gaps
  66      */
  67     s1 = "-RFNQ";
  68     s2 = "ARK-";
  69     newScore = new PIDModel().computePID(s1, s2,
  70             SimilarityParams.Jalview);
  71     oldScore = Comparison.PID(s1, s2);
  72     assertEquals(newScore, oldScore, DELTA);
  73
  74     /*
  75      * same but now also with gapped columns
  76      */
  77     s1 = "-R-F-NQ";
  78     s2 = "AR-K--";
  79     newScore = new PIDModel().computePID(s1, s2, SimilarityParams.Jalview);
  80     oldScore = Comparison.PID(s1, s2);
  81     assertEquals(newScore, oldScore, DELTA);
  82   }
  83 }