test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   3 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
   4
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6
   7 public class ScoreMatrixTest
   8 {
   9   @Test(groups = "Functional")
  10   public void testConstructor()
  11   {
  12     // note score matrix does not have to be symmetric (though it should be!)
  13     float[][] scores = new float[3][];
  14     scores[0] = new float[] { 1f, 2f, 3f };
  15     scores[1] = new float[] { 4f, 5f, 6f };
  16     scores[2] = new float[] { 7f, 8f, 9f };
  17     ScoreMatrix sm = new ScoreMatrix("Test", "ABC".toCharArray(), scores);
  18     assertEquals(sm.getSize(), 3);
  19     assertArrayEquals(scores, sm.getMatrix());
  20     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'a'), 1f);
  21     assertEquals(sm.getPairwiseScore('b', 'c'), 6f);
  22     assertEquals(sm.getPairwiseScore('c', 'b'), 8f);
  23     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'D'), 0f);
  24     assertEquals(sm.getMatrixIndex('c'), 2);
  25     assertEquals(sm.getMatrixIndex(' '), -1);
  26   }
  27
  28   @Test(
  29     groups = "Functional",
  30     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  31   public void testConstructor_matrixTooSmall()
  32   {
  33     float[][] scores = new float[2][];
  34     scores[0] = new float[] { 1f, 2f };
  35     scores[1] = new float[] { 3f, 4f };
  36     new ScoreMatrix("Test", "ABC".toCharArray(), scores);
  37   }
  38
  39   @Test(
  40     groups = "Functional",
  41     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  42   public void testConstructor_matrixTooBig()
  43   {
  44     float[][] scores = new float[2][];
  45     scores[0] = new float[] { 1f, 2f };
  46     scores[1] = new float[] { 3f, 4f };
  47     new ScoreMatrix("Test", "A".toCharArray(), scores);
  48   }
  49
  50   @Test(
  51     groups = "Functional",
  52     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  53   public void testConstructor_matrixNotSquare()
  54   {
  55     float[][] scores = new float[2][];
  56     scores[0] = new float[] { 1f, 2f };
  57     scores[1] = new float[] { 3f };
  58     new ScoreMatrix("Test", "AB".toCharArray(), scores);
  59   }
  60
  61   @Test(groups = "Functional")
  62   public void testBuildSymbolIndex()
  63   {
  64     short[] index = ScoreMatrix.buildSymbolIndex("AX-. yxYp".toCharArray());
  65
  66     assertEquals(index.length, 128); // ASCII character set size
  67
  68     assertEquals(index['A'], 0);
  69     assertEquals(index['a'], 0); // lower-case mapping added
  70     assertEquals(index['X'], 1);
  71     assertEquals(index['-'], 2);
  72     assertEquals(index['.'], 3);
  73     assertEquals(index[' '], 4);
  74     assertEquals(index['y'], 5); // lower-case override
  75     assertEquals(index['x'], 6); // lower-case override
  76     assertEquals(index['Y'], 7);
  77     assertEquals(index['p'], 8);
  78     assertEquals(index['P'], -1); // lower-case doesn't map upper-case
  79
  80     /*
  81      * check all unmapped symbols have index for unmapped
  82      */
  83     for (int c = 0; c < index.length; c++)
  84     {
  85       if (!"AaXx-. Yyp".contains(String.valueOf((char) c)))
  86       {
  87         assertEquals(index[c], -1);
  88       }
  89     }
  90   }
  91
  92   /**
  93    * check that characters not in the basic ASCII set are simply ignored
  94    */
  95   @Test(groups = "Functional")
  96   public void testBuildSymbolIndex_nonAscii()
  97   {
  98     char[] weird = new char[] { 128, 245, 'P' };
  99     short[] index = ScoreMatrix.buildSymbolIndex(weird);
 100     assertEquals(index.length, 128);
 101     assertEquals(index['P'], 2);
 102     assertEquals(index['p'], 2);
 103     for (int c = 0; c < index.length; c++)
 104     {
 105       if (c != 'P' && c != 'p')
 106       {
 107         assertEquals(index[c], -1);
 108       }
 109     }
 110   }
 111
 112   @Test(groups = "Functional")
 113   public void testGetMatrixIndex()
 114   {
 115     ScoreMatrix sm = ScoreModels.getInstance().getBlosum62();
 116     assertEquals(sm.getMatrixIndex('A'), 0);
 117     assertEquals(sm.getMatrixIndex('R'), 1);
 118     assertEquals(sm.getMatrixIndex('r'), 1);
 119     assertEquals(sm.getMatrixIndex('N'), 2);
 120     assertEquals(sm.getMatrixIndex('D'), 3);
 121     assertEquals(sm.getMatrixIndex('X'), 22);
 122     assertEquals(sm.getMatrixIndex('x'), 22);
 123     assertEquals(sm.getMatrixIndex(' '), 23);
 124     assertEquals(sm.getMatrixIndex('*'), 24);
 125     assertEquals(sm.getMatrixIndex('.'), -1);
 126     assertEquals(sm.getMatrixIndex('-'), -1);
 127     assertEquals(sm.getMatrixIndex('?'), -1);
 128     assertEquals(sm.getMatrixIndex((char) 128), -1);
 129   }
 130
 131   @Test(groups = "Functional")
 132   public void testGetSize()
 133   {
 134     ScoreMatrix sm = ScoreModels.getInstance().getBlosum62();
 135     assertEquals(sm.getMatrix().length, sm.getSize());
 136   }
 137 }