test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6
   7 public class ScoreMatrixTest
   8 {
   9   @Test(groups = "Functional")
  10   public void testBuildSymbolIndex()
  11   {
  12     short[] index = ScoreMatrix.buildSymbolIndex("AX-. yxYp".toCharArray());
  13
  14     assertEquals(index.length, 128); // ASCII character set size
  15
  16     assertEquals(index['A'], 0);
  17     assertEquals(index['a'], 0); // lower-case mapping added
  18     assertEquals(index['X'], 1);
  19     assertEquals(index['-'], 2);
  20     assertEquals(index['.'], 3);
  21     assertEquals(index[' '], 4);
  22     assertEquals(index['y'], 5); // lower-case override
  23     assertEquals(index['x'], 6); // lower-case override
  24     assertEquals(index['Y'], 7);
  25     assertEquals(index['p'], 8);
  26     assertEquals(index['P'], -1); // lower-case doesn't map upper-case
  27
  28     /*
  29      * check all unmapped symbols have index for unmapped
  30      */
  31     for (int c = 0; c < index.length; c++)
  32     {
  33       if (!"AaXx-. Yyp".contains(String.valueOf((char) c)))
  34       {
  35         assertEquals(index[c], -1);
  36       }
  37     }
  38   }
  39
  40   /**
  41    * check that characters not in the basic ASCII set are simply ignored
  42    */
  43   @Test(groups = "Functional")
  44   public void testBuildSymbolIndex_nonAscii()
  45   {
  46     char[] weird = new char[] { 128, 245, 'P' };
  47     short[] index = ScoreMatrix.buildSymbolIndex(weird);
  48     assertEquals(index.length, 128);
  49     assertEquals(index['P'], 2);
  50     assertEquals(index['p'], 2);
  51     for (int c = 0; c < index.length; c++)
  52     {
  53       if (c != 'P' && c != 'p')
  54       {
  55         assertEquals(index[c], -1);
  56       }
  57     }
  58   }
  59
  60   @Test(groups = "Functional")
  61   public void testGetMatrixIndex()
  62   {
  63     ScoreMatrix sm = ScoreModels.getInstance().getBlosum62();
  64     assertEquals(sm.getMatrixIndex('A'), 0);
  65     assertEquals(sm.getMatrixIndex('R'), 1);
  66     assertEquals(sm.getMatrixIndex('r'), 1);
  67     assertEquals(sm.getMatrixIndex('N'), 2);
  68     assertEquals(sm.getMatrixIndex('D'), 3);
  69     assertEquals(sm.getMatrixIndex('X'), 22);
  70     assertEquals(sm.getMatrixIndex('x'), 22);
  71     assertEquals(sm.getMatrixIndex(' '), 23);
  72     assertEquals(sm.getMatrixIndex('*'), 24);
  73     assertEquals(sm.getMatrixIndex('.'), -1);
  74     assertEquals(sm.getMatrixIndex('-'), -1);
  75     assertEquals(sm.getMatrixIndex('?'), -1);
  76     assertEquals(sm.getMatrixIndex((char) 128), -1);
  77   }
  78 }