test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.PairwiseScoreModelI;
   8 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   9
  10 import java.util.Iterator;
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  12 import org.testng.annotations.Test;
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  14 public class ScoreModelsTest
  15 {
  16   /**
  17    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  18    * score models
  19    */
  20   @Test(groups = "Functional")
  21   public void testConstructor()
  22   {
  23     Iterator<ScoreModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  24             .iterator();
  25     assertTrue(models.hasNext());
  26
  27     /*
  28      * models are served in order of addition
  29      */
  30     ScoreModelI sm = models.next();
  31     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  32     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  33     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  34     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  35     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
  36
  37     sm = models.next();
  38     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  39     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  40     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  41     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  42     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  43
  44     sm = models.next();
  45     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  46     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  47     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  48     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  49     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  50     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  51
  52     sm = models.next();
  53     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  54     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  55     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  56     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  57     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  58
  59     sm = models.next();
  60     assertFalse(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  61     assertFalse(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  62     assertTrue(sm instanceof DistanceScoreModel);
  63     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  64   }
  65
  66   /**
  67    * 'Test' that prints out score matrices in tab-delimited format. This test is
  68    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  69    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  70    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  71    */
  72   @Test(groups = "none")
  73   public void printAllMatrices_tabDelimited()
  74   {
  75     printAllMatrices(false);
  76   }
  77
  78   /**
  79    * 'Test' that prints out score matrices in html format. This test is
  80    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  81    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  82    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  83    */
  84   @Test(groups = "none")
  85   public void printAllMatrices_asHtml()
  86   {
  87     printAllMatrices(true);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Print all registered ScoreMatrix as plain or html tables
  92    *
  93    * @param asHtml
  94    */
  95   protected void printAllMatrices(boolean asHtml)
  96   {
  97     for (ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
  98     {
  99       if (sm instanceof ScoreMatrix)
 100       {
 101         System.out.println(((ScoreMatrix) sm).outputMatrix(asHtml));
 102       }
 103     }
 104   }
 105 }