a9c602dcf5c9d47e52a3c2ab2e1c6ff2215e630d
[jalview.git] / test / jalview / bin / commandsTest2.argfile1
1 --debug
2 --nonews
3 --nosplash
4 --substitutions
5 --open=examples/test_fab41.result/sample.a2m
6 --annotations
7 --ssannotations
8 --colour=gecos:flower
9 --structure=[viewer=jmol;tempfac=plddt;paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb
10 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4.pdb
11 --structureviewer=jmol
12 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4_scores.json
13 --tempfac=plddt
14 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2.pdb
15 --structureviewer=jmol
16 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json
17 --tempfac=plddt
18 --structure=[viewer=none]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5.pdb
19 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json
20 --tempfac=plddt
21 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1.pdb
22 --structureviewer=none
23 --tempfac=plddt
24 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1_scores.json
25 #--headless