test/jalview/commands/TrimRegionCommandTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 /**
  36  * Unit tests for TrimRegionCommand
  37  *
  38  * @author gmcarstairs
  39  *
  40  */
  41 public class TrimRegionCommandTest
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   private AlignmentI al;
  52
  53   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  54   public void setUp()
  55   {
  56     SequenceI[] seqs = new SequenceI[2];
  57     seqs[0] = new Sequence("seq0", "abcde-");
  58     seqs[1] = new Sequence("seq1", "-ghjkl");
  59     al = new Alignment(seqs);
  60     al.setDataset(null);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Test performing, undoing and redoing a 'trim left'
  65    */
  66   @Test(groups = { "Functional" })
  67   public void testTrimLeft_withUndoAndRedo()
  68   {
  69     TrimRegionCommand cmd = new TrimRegionCommand("Remove Left", true,
  70             al.getSequencesArray(), 2, al);
  71     assertEquals(2, cmd.getSize());
  72     assertEquals("cde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
  73     assertEquals("hjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
  74
  75     /*
  76      * undo and verify
  77      */
  78     cmd.undoCommand(new AlignmentI[] { al });
  79     assertEquals("abcde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
  80     assertEquals("-ghjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
  81
  82     /*
  83      * redo and verify
  84      */
  85     cmd.doCommand(new AlignmentI[] { al });
  86     assertEquals("cde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
  87     assertEquals("hjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Trim left of no columns - should do nothing. This is the case where the
  92    * first column is selected and 'Remove Left' is selected.
  93    */
  94   @Test(groups = { "Functional" })
  95   public void testTrimLeft_noColumns()
  96   {
  97     TrimRegionCommand cmd = new TrimRegionCommand("Remove Left", true,
  98             al.getSequencesArray(), 0, al);
  99     assertEquals(0, cmd.getSize());
 100     assertEquals("abcde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 101     assertEquals("-ghjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Trim left of a single column
 106    */
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void testTrimLeft_oneColumn()
 109   {
 110     TrimRegionCommand cmd = new TrimRegionCommand("Remove Left", true,
 111             al.getSequencesArray(), 1, al);
 112     assertEquals(1, cmd.getSize());
 113     assertEquals("bcde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 114     assertEquals("ghjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 115   }
 116
 117   /**
 118    * Trim right of no columns - should do nothing. This is the case where the
 119    * last column is selected and 'Remove Right' is selected.
 120    */
 121   @Test(groups = { "Functional" })
 122   public void testTrimRight_noColumns()
 123   {
 124     TrimRegionCommand cmd = new TrimRegionCommand("Remove Right", false,
 125             al.getSequencesArray(), 5, al);
 126     assertEquals(0, cmd.getSize());
 127     assertEquals("abcde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 128     assertEquals("-ghjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Trim right of a single column
 133    */
 134   @Test(groups = { "Functional" })
 135   public void testTrimRight_oneColumn()
 136   {
 137     TrimRegionCommand cmd = new TrimRegionCommand("Remove Right", false,
 138             al.getSequencesArray(), 4, al);
 139     assertEquals(1, cmd.getSize());
 140     assertEquals("abcde", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 141     assertEquals("-ghjk", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Test performing, undoing and redoing a 'trim right'
 146    */
 147   @Test(groups = { "Functional" })
 148   public void testTrimRight_withUndoAndRedo()
 149   {
 150     TrimRegionCommand cmd = new TrimRegionCommand("Remove Right", false,
 151             al.getSequencesArray(), 2, al);
 152     assertEquals(3, cmd.getSize());
 153     assertEquals("abc", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 154     assertEquals("-gh", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 155
 156     /*
 157      * undo and verify
 158      */
 159     cmd.undoCommand(new AlignmentI[] { al });
 160     assertEquals("abcde-", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 161     assertEquals("-ghjkl", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 162
 163     /*
 164      * redo and verify
 165      */
 166     cmd.doCommand(new AlignmentI[] { al });
 167     assertEquals("abc", al.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 168     assertEquals("-gh", al.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 169   }
 170 }