test/jalview/controller/AlignViewControllerTest.java

   1 package jalview.controller;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   9 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import java.util.BitSet;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class AlignViewControllerTest
  18 {
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testFindColumnsWithFeature()
  21   {
  22     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "aMMMaaaaaaaaaaaaaaaa");
  23     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aaaMMMMMMMaaaaaaaaaa");
  24     SequenceI seq3 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaMMMMMaaaaa");
  25     SequenceI seq4 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa");
  26
  27     /*
  28      * features start/end are base 1
  29      */
  30     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 2, 4, 0f,
  31             null));
  32     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Helix", "desc", 1, 15, 0f,
  33             null));
  34     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 4, 10, 0f,
  35             null));
  36     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 11, 15,
  37             0f, null));
  38
  39     /*
  40      * select the first three columns --> seq1 2-3
  41      */
  42     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  43     sg.setStartRes(0); // base 0
  44     sg.setEndRes(2);
  45     sg.addSequence(seq1, false);
  46     sg.addSequence(seq2, false);
  47     sg.addSequence(seq3, false);
  48     sg.addSequence(seq4, false);
  49
  50     BitSet bs = new BitSet();
  51     int seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg,
  52             bs);
  53     assertEquals(1, seqCount);
  54     assertEquals(2, bs.cardinality());
  55     assertTrue(bs.get(1));
  56     assertTrue(bs.get(2));
  57
  58     /*
  59      * select the first four columns: seq1 2:4, seq2 4:4
  60      */
  61     sg.setEndRes(3);
  62     bs.clear();
  63     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg,
  64             bs);
  65     assertEquals(2, seqCount);
  66     assertEquals(3, bs.cardinality());
  67     assertTrue(bs.get(1));
  68     assertTrue(bs.get(2));
  69     assertTrue(bs.get(3));
  70
  71     /*
  72      * select column 11: seq3 only
  73      */
  74     sg.setStartRes(10);
  75     sg.setEndRes(10);
  76     bs.clear();
  77     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  78     assertEquals(1, seqCount);
  79     assertEquals(1, bs.cardinality());
  80     assertTrue(bs.get(10));
  81
  82     /*
  83      * select columns 16-20: no Metal feature
  84      */
  85     sg.setStartRes(15);
  86     sg.setEndRes(19);
  87     bs.clear();
  88     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  89     assertEquals(0, seqCount);
  90     assertEquals(0, bs.cardinality());
  91
  92     /*
  93      * look for a feature that isn't there
  94      */
  95     sg.setStartRes(0);
  96     sg.setEndRes(19);
  97     bs.clear();
  98     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Pfam", sg, bs);
  99     assertEquals(0, seqCount);
 100     assertEquals(0, bs.cardinality());
 101   }
 102
 103   @Test(groups = "Functional")
 104   public void testSelectMarkedColumns_invert()
 105   {
 106     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 107     cs.addElement(5); // this will be cleared
 108     BitSet toMark = new BitSet();
 109     toMark.set(1);
 110     toMark.set(3);
 111     toMark.set(6);
 112     toMark.set(9);
 113
 114     /*
 115      * inverted selection of {3, 6} should select {4, 5, 7, 8}
 116      */
 117     assertTrue(AlignViewController.selectMarkedColumns(cs, true, false,
 118             false, toMark, 3, 8));
 119     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 120     assertEquals(4, selected.size());
 121     assertTrue(selected.contains(4));
 122     assertTrue(selected.contains(5));
 123     assertTrue(selected.contains(7));
 124     assertTrue(selected.contains(8));
 125   }
 126
 127   @Test(groups = "Functional")
 128   public void testSelectMarkedColumns()
 129   {
 130     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 131     cs.addElement(5); // this will be cleared
 132     BitSet toMark = new BitSet();
 133     toMark.set(1);
 134     toMark.set(3);
 135     toMark.set(6);
 136     toMark.set(9);
 137
 138     assertTrue(AlignViewController.selectMarkedColumns(cs, false, false,
 139             false, toMark, 3, 8));
 140     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 141     assertEquals(2, selected.size());
 142     assertTrue(selected.contains(3));
 143     assertTrue(selected.contains(6));
 144   }
 145
 146   @Test(groups = "Functional")
 147   public void testSelectMarkedColumns_extend()
 148   {
 149     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 150     cs.addElement(1);
 151     cs.addElement(5);
 152     BitSet toMark = new BitSet();
 153     toMark.set(1);
 154     toMark.set(3);
 155     toMark.set(6);
 156     toMark.set(9);
 157
 158     /*
 159      * extending selection of {3, 6} should leave {1, 3, 5, 6} selected
 160      */
 161     assertTrue(AlignViewController.selectMarkedColumns(cs, false, true,
 162             false, toMark, 3, 8));
 163     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 164     assertEquals(4, selected.size());
 165     assertTrue(selected.contains(1));
 166     assertTrue(selected.contains(3));
 167     assertTrue(selected.contains(5));
 168     assertTrue(selected.contains(6));
 169   }
 170
 171   @Test(groups = "Functional")
 172   public void testSelectMarkedColumns_toggle()
 173   {
 174     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 175     cs.addElement(1); // outside change range
 176     cs.addElement(3);
 177     cs.addElement(4);
 178     cs.addElement(10); // outside change range
 179     BitSet toMark = new BitSet();
 180     toMark.set(1);
 181     toMark.set(3);
 182     toMark.set(6);
 183     toMark.set(9);
 184
 185     /*
 186      * toggling state of {3, 6} should leave {1, 4, 6, 10} selected
 187      */
 188     assertTrue(AlignViewController.selectMarkedColumns(cs, false, false,
 189             true, toMark, 3, 8));
 190     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 191     assertEquals(4, selected.size());
 192     assertTrue(selected.contains(1));
 193     assertTrue(selected.contains(4));
 194     assertTrue(selected.contains(6));
 195     assertTrue(selected.contains(10));
 196   }
 197   // TODO testSelectMarkedColumns with combinations of invert/extend/toggle set
 198 }