test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertSame;
   4 import jalview.util.MapList;
   5
   6 import org.junit.Test;
   7
   8 public class AlignedCodonFrameTest
   9 {
  10
  11   /**
  12    * Test the constructor which copies all except the aligned protein sequences.
  13    */
  14   @Test
  15   public void testConstructor_copyWithSequence()
  16   {
  17     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  18     MapList map = new MapList(new int[]
  19     { 1, 3 }, new int[]
  20     { 1, 1 }, 3, 1);
  21     SequenceI aaseq = new Sequence("", "FKQ");
  22     SequenceI dnaseq = new Sequence("", "ATTCGTACGGAC");
  23     acf.addMap(dnaseq, aaseq, map);
  24     SequenceI[] newaligned = new SequenceI[1];
  25     newaligned[0] = new Sequence("", "-F-K-Q");
  26     newaligned[0].setDatasetSequence(aaseq.getDatasetSequence());
  27     AlignedCodonFrame copy = new AlignedCodonFrame(acf, newaligned);
  28     assertSame(copy.getdnaSeqs(), acf.getdnaSeqs());
  29     assertSame(newaligned[0], copy.getAaForDnaSeq(dnaseq, false));
  30   }
  31 }