test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertSame;
   5 import jalview.util.MapList;
   6
   7 import org.junit.Test;
   8
   9 public class AlignedCodonFrameTest
  10 {
  11
  12   /**
  13    * Test the constructor which copies all except the aligned protein sequences.
  14    */
  15   @Test
  16   public void testConstructor_copyWithSequence()
  17   {
  18     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame(0);
  19     acf.codons = new int[][]
  20     { new int[]
  21     { 1, 3 }, new int[]
  22     { 4, 6 } };
  23     MapList map = new MapList(new int[]
  24     { 1, 3 }, new int[]
  25     { 1, 1 }, 3, 1);
  26     SequenceI aaseq = new Sequence("", "FKQ");
  27     SequenceI dnaseq = new Sequence("", "ATTCGTACGGAC");
  28     acf.addMap(dnaseq, aaseq, map);
  29     SequenceI[] newaligned = new SequenceI[1];
  30     newaligned[0] = new Sequence("", "-F-K-Q");
  31     newaligned[0].setDatasetSequence(aaseq.getDatasetSequence());
  32     AlignedCodonFrame copy = new AlignedCodonFrame(acf, newaligned);
  33     assertSame(copy.codons, acf.codons);
  34     assertEquals(copy.aaWidth, acf.aaWidth);
  35     assertSame(copy.getdnaSeqs(), acf.getdnaSeqs());
  36     assertSame(newaligned[0], copy.getAaForDnaSeq(dnaseq, false));
  37   }
  38 }