test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.util.MapList;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class AlignedCodonFrameTest
  33 {
  34
  35   /**
  36    * Test the method that locates the first aligned sequence that has a mapping.
  37    */
  38   @Test(groups = { "Functional" })
  39   public void testFindAlignedSequence()
  40   {
  41     AlignmentI cdna = new Alignment(new SequenceI[] {});
  42     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  43     seq1.createDatasetSequence();
  44     cdna.addSequence(seq1);
  45     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-GG-GG");
  46     seq2.createDatasetSequence();
  47     cdna.addSequence(seq2);
  48
  49     AlignmentI aa = new Alignment(new SequenceI[] {});
  50     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  51     aseq1.createDatasetSequence();
  52     aa.addSequence(aseq1);
  53     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  54     aseq2.createDatasetSequence();
  55     aa.addSequence(aseq2);
  56
  57     /*
  58      * Mapping from first DNA sequence to second AA sequence.
  59      */
  60     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  61
  62     assertNull(acf.findAlignedSequence(seq1, aa));
  63
  64     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
  65     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  66
  67     /*
  68      * DNA seq1 maps to AA seq2
  69      */
  70     assertEquals(aa.getSequenceAt(1), acf.findAlignedSequence(cdna
  71             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), aa));
  72
  73     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0), acf.findAlignedSequence(aa
  74             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), cdna));
  75   }
  76
  77   /**
  78    * Test the method that locates the mapped codon for a protein position.
  79    */
  80   @Test(groups = { "Functional" })
  81   public void testGetMappedRegion()
  82   {
  83     // introns lower case, exons upper case
  84     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
  85     seq1.createDatasetSequence();
  86     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-gG-Gg-CG-a");
  87     seq2.createDatasetSequence();
  88
  89     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  90     aseq1.createDatasetSequence();
  91     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  92     aseq2.createDatasetSequence();
  93
  94     /*
  95      * First with no mappings
  96      */
  97     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  98
  99     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1));
 100
 101     /*
 102      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 103      */
 104     MapList map = new MapList(new int[] { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[] {
 105         1, 2 }, 3, 1);
 106     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 107     map = new MapList(new int[] { 1, 2, 4, 5, 7, 8 }, new int[] { 1, 2 },
 108             3, 1);
 109     acf.addMap(seq2.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
 110
 111     assertEquals("[2, 4]",
 112             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1)));
 113     assertEquals("[6, 6, 8, 9]",
 114             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 2)));
 115     assertEquals("[1, 2, 4, 4]",
 116             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 1)));
 117     assertEquals("[5, 5, 7, 8]",
 118             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 2)));
 119
 120     /*
 121      * No mapping from sequence 1 to sequence 2
 122      */
 123     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq2, 1));
 124   }
 125
 126   @Test(groups = { "Functional" })
 127   public void testGetMappedCodon()
 128   {
 129     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
 130     seq1.createDatasetSequence();
 131     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
 132     aseq1.createDatasetSequence();
 133
 134     /*
 135      * First with no mappings
 136      */
 137     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 138
 139     assertNull(acf.getMappedCodon(seq1.getDatasetSequence(), 0));
 140
 141     /*
 142      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 143      */
 144     MapList map = new MapList(new int[] { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[] {
 145         1, 2 }, 3, 1);
 146     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 147
 148     assertEquals("[G, T, A]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 149             aseq1.getDatasetSequence(), 1)));
 150     assertEquals("[C, T, T]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 151             aseq1.getDatasetSequence(), 2)));
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Test for the case where sequences have start > 1
 156    */
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void testGetMappedCodon_forSubSequences()
 159   {
 160     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T", 27, 35);
 161     seq1.createDatasetSequence();
 162
 163     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R", 12, 13);
 164     aseq1.createDatasetSequence();
 165
 166     /*
 167      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 168      */
 169     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 170     MapList map = new MapList(new int[] { 28, 30, 32, 32, 34, 35 },
 171             new int[] { 12, 13 }, 3, 1);
 172     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 173
 174     assertEquals("[G, T, A]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 175             aseq1.getDatasetSequence(), 12)));
 176     assertEquals("[C, T, T]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 177             aseq1.getDatasetSequence(), 13)));
 178   }
 179 }