create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / datamodel / AlignedCodonIteratorTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
25
26 import jalview.gui.JvOptionPane;
27 import jalview.util.MapList;
28
29 import java.util.Iterator;
30
31 import org.testng.Assert;
32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
33 import org.testng.annotations.Test;
34
35 /**
36  * Unit tests for Mapping$AlignedCodonIterator
37  * 
38  * @author gmcarstairs
39  *
40  */
41 public class AlignedCodonIteratorTest
42 {
43
44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
45   public void setUpJvOptionPane()
46   {
47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
49   }
50
51   /**
52    * Test normal case for iterating over aligned codons.
53    */
54   @Test(groups = { "Functional" })
55   public void testNext()
56   {
57     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc");
58     from.createDatasetSequence();
59     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-R-");
60     to.createDatasetSequence();
61     MapList map = new MapList(
62             new int[] { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 10, 12, 13 },
63             new int[] { 1, 3 }, 3, 1);
64     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
65
66     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
67     AlignedCodon codon = codons.next();
68     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
69     assertEquals("P", codon.product);
70     codon = codons.next();
71     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
72     assertEquals("Q", codon.product);
73     codon = codons.next();
74     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
75     assertEquals("R", codon.product);
76     assertFalse(codons.hasNext());
77   }
78
79   /**
80    * Test weird case where the mapping skips over a peptide.
81    */
82   @Test(groups = { "Functional" })
83   public void testNext_unmappedPeptide()
84   {
85     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc");
86     from.createDatasetSequence();
87     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-TR-");
88     to.createDatasetSequence();
89     MapList map = new MapList(
90             new int[] { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 10, 12, 13 }, new int[] { 1,
91                 2, 4, 4 }, 3, 1);
92     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
93
94     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
95     AlignedCodon codon = codons.next();
96     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
97     assertEquals("P", codon.product);
98     codon = codons.next();
99     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
100     assertEquals("Q", codon.product);
101     codon = codons.next();
102     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
103     assertEquals("R", codon.product);
104     assertFalse(codons.hasNext());
105   }
106
107   /**
108    * Test for exception thrown for an incomplete codon.
109    */
110   @Test(groups = { "Functional" })
111   public void testNext_incompleteCodon()
112   {
113     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCgTt");
114     from.createDatasetSequence();
115     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-R-");
116     to.createDatasetSequence();
117     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 8 },
118             new int[] { 1, 3 }, 3, 1);
119     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
120
121     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
122     AlignedCodon codon = codons.next();
123     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
124     assertEquals("P", codon.product);
125     try
126     {
127       codon = codons.next();
128       Assert.fail("expected exception");
129     } catch (IncompleteCodonException e)
130     {
131       // expected
132     }
133   }
134
135   /**
136    * Test normal case for iterating over aligned codons.
137    */
138   @Test(groups = { "Functional" })
139   public void testAnother()
140   {
141     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "TGCCATTACCAG-");
142     from.createDatasetSequence();
143     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "CHYQ");
144     to.createDatasetSequence();
145     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1, 4 }, 3, 1);
146     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
147
148     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
149     AlignedCodon codon = codons.next();
150     assertEquals("[0, 1, 2]", codon.toString());
151     assertEquals("C", codon.product);
152     codon = codons.next();
153     assertEquals("[3, 4, 5]", codon.toString());
154     assertEquals("H", codon.product);
155     codon = codons.next();
156     assertEquals("[6, 7, 8]", codon.toString());
157     assertEquals("Y", codon.product);
158     codon = codons.next();
159     assertEquals("[9, 10, 11]", codon.toString());
160     assertEquals("Q", codon.product);
161     assertFalse(codons.hasNext());
162   }
163
164   /**
165    * Test for a case with sequence (and mappings) not starting at 1
166    */
167   @Test(groups = { "Functional" })
168   public void testNext_withOffset()
169   {
170     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc", 7, 20);
171     from.createDatasetSequence();
172     SequenceI to = new Sequence("Seq1/10-12", "-PQ-R-");
173     to.createDatasetSequence();
174     MapList map = new MapList(new int[] { 7, 7, 9, 10, 12, 12, 14, 16, 18,
175         19 }, new int[] { 10, 12 }, 3, 1);
176     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
177
178     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
179     AlignedCodon codon = codons.next();
180     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
181     assertEquals("P", codon.product);
182     codon = codons.next();
183     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
184     assertEquals("Q", codon.product);
185     codon = codons.next();
186     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
187     assertEquals("R", codon.product);
188     assertFalse(codons.hasNext());
189   }
190 }