test/jalview/datamodel/AlignedCodonIteratorTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   5 import static org.junit.Assert.fail;
   6 import jalview.util.MapList;
   7
   8 import java.util.Iterator;
   9
  10 import org.junit.Test;
  11
  12 /**
  13  * Unit tests for Mapping$AlignedCodonIterator
  14  *
  15  * @author gmcarstairs
  16  *
  17  */
  18 public class AlignedCodonIteratorTest
  19 {
  20   /**
  21    * Test normal case for iterating over aligned codons.
  22    */
  23   @Test
  24   public void testNext()
  25   {
  26     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc");
  27     from.createDatasetSequence();
  28     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-R-");
  29     to.createDatasetSequence();
  30     MapList map = new MapList(new int[]
  31     { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 10, 12, 13 }, new int[]
  32     { 1, 3 }, 3, 1);
  33     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
  34
  35     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
  36     AlignedCodon codon = codons.next();
  37     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
  38     assertEquals("P", codon.product);
  39     codon = codons.next();
  40     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
  41     assertEquals("Q", codon.product);
  42     codon = codons.next();
  43     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
  44     assertEquals("R", codon.product);
  45     assertFalse(codons.hasNext());
  46   }
  47
  48   /**
  49    * Test weird case where the mapping skips over a peptide.
  50    */
  51   @Test
  52   public void testNext_unmappedPeptide()
  53   {
  54     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCtAG-AtG-Gc");
  55     from.createDatasetSequence();
  56     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-TR-");
  57     to.createDatasetSequence();
  58     MapList map = new MapList(new int[]
  59     { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 10, 12, 13 }, new int[]
  60     { 1, 2, 4, 4 }, 3, 1);
  61     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
  62
  63     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
  64     AlignedCodon codon = codons.next();
  65     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
  66     assertEquals("P", codon.product);
  67     codon = codons.next();
  68     assertEquals("[8, 10, 11]", codon.toString());
  69     assertEquals("Q", codon.product);
  70     codon = codons.next();
  71     assertEquals("[13, 15, 17]", codon.toString());
  72     assertEquals("R", codon.product);
  73     assertFalse(codons.hasNext());
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Test for exception thrown for an incomplete codon.
  78    */
  79   @Test
  80   public void testNext_incompleteCodon()
  81   {
  82     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "-CgC-C-cCgTt");
  83     from.createDatasetSequence();
  84     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "-PQ-R-");
  85     to.createDatasetSequence();
  86     MapList map = new MapList(new int[]
  87     { 1, 1, 3, 4, 6, 6, 8, 8 }, new int[]
  88     { 1, 3 }, 3, 1);
  89     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
  90
  91     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
  92     AlignedCodon codon = codons.next();
  93     assertEquals("[1, 3, 5]", codon.toString());
  94     assertEquals("P", codon.product);
  95     try
  96     {
  97       codon = codons.next();
  98       fail("expected exception");
  99     } catch (IncompleteCodonException e)
 100     {
 101       // expected
 102     }
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Test normal case for iterating over aligned codons.
 107    */
 108   @Test
 109   public void testAnother()
 110   {
 111     SequenceI from = new Sequence("Seq1", "TGCCATTACCAG-");
 112     from.createDatasetSequence();
 113     SequenceI to = new Sequence("Seq1", "CHYQ");
 114     to.createDatasetSequence();
 115     MapList map = new MapList(new int[]
 116     { 1, 12 }, new int[]
 117     { 1, 4 }, 3, 1);
 118     Mapping m = new Mapping(to.getDatasetSequence(), map);
 119
 120     Iterator<AlignedCodon> codons = m.getCodonIterator(from, '-');
 121     AlignedCodon codon = codons.next();
 122     assertEquals("[0, 1, 2]", codon.toString());
 123     assertEquals("C", codon.product);
 124     codon = codons.next();
 125     assertEquals("[3, 4, 5]", codon.toString());
 126     assertEquals("H", codon.product);
 127     codon = codons.next();
 128     assertEquals("[6, 7, 8]", codon.toString());
 129     assertEquals("Y", codon.product);
 130     codon = codons.next();
 131     assertEquals("[9, 10, 11]", codon.toString());
 132     assertEquals("Q", codon.product);
 133     assertFalse(codons.hasNext());
 134   }
 135 }