test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
   7 import jalview.io.FormatAdapter;
   8 import jalview.util.MapList;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.Iterator;
  12
  13 import org.junit.Before;
  14 import org.junit.Test;
  15
  16 /**
  17  * Unit tests for Alignment datamodel.
  18  *
  19  * @author gmcarstairs
  20  *
  21  */
  22 public class AlignmentTest
  23 {
  24   // @formatter:off
  25   private static final String TEST_DATA =
  26           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  27           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  28           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  29           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  30           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  31           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  32           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  33           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  34           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  35           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n" +
  36           "//";
  37
  38   private static final String AA_SEQS_1 =
  39           ">Seq1Name\n" +
  40           "K-QY--L\n" +
  41           ">Seq2Name\n" +
  42           "-R-FP-W-\n";
  43
  44   private static final String CDNA_SEQS_1 =
  45           ">Seq1Name\n" +
  46           "AC-GG--CUC-CAA-CT\n" +
  47           ">Seq2Name\n" +
  48           "-CG-TTA--ACG---AAGT\n";
  49
  50   private static final String CDNA_SEQS_2 =
  51           ">Seq1Name\n" +
  52           "GCTCGUCGTACT\n" +
  53           ">Seq2Name\n" +
  54           "GGGTCAGGCAGT\n";
  55   // @formatter:on
  56
  57   private AlignmentI al;
  58
  59   /**
  60    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
  61    *
  62    * @param data
  63    * @param format
  64    *          TODO
  65    * @return
  66    * @throws IOException
  67    */
  68   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
  69           throws IOException
  70   {
  71     Alignment a = new FormatAdapter().readFile(data,
  72             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
  73     a.setDataset(null);
  74     return a;
  75   }
  76
  77   /*
  78    * Read in Stockholm format test data including secondary structure
  79    * annotations.
  80    */
  81   @Before
  82   public void setUp() throws IOException
  83   {
  84     al = loadAlignment(TEST_DATA, "STH");
  85     int i = 0;
  86     for (AlignmentAnnotation ann : al.getAlignmentAnnotation())
  87     {
  88       ann.setCalcId("CalcIdFor" + al.getSequenceAt(i).getName());
  89       i++;
  90     }
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Test method that returns annotations that match on calcId.
  95    */
  96   @Test
  97   public void testFindAnnotation_byCalcId()
  98   {
  99     Iterable<AlignmentAnnotation> anns = al
 100             .findAnnotation("CalcIdForD.melanogaster.2");
 101     Iterator<AlignmentAnnotation> iter = anns.iterator();
 102     assertTrue(iter.hasNext());
 103     AlignmentAnnotation ann = iter.next();
 104     assertEquals("D.melanogaster.2", ann.sequenceRef.getName());
 105     assertFalse(iter.hasNext());
 106   }
 107
 108   @Test
 109   public void testDeleteAllAnnotations_includingAutocalculated()
 110   {
 111     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Consensus",
 112             "Consensus", 0.5);
 113     aa.autoCalculated = true;
 114     al.addAnnotation(aa);
 115     AlignmentAnnotation[] anns = al.getAlignmentAnnotation();
 116     assertEquals("Wrong number of annotations before deleting", 4,
 117             anns.length);
 118     al.deleteAllAnnotations(true);
 119     assertEquals("Not all deleted", 0, al.getAlignmentAnnotation().length);
 120   }
 121
 122   @Test
 123   public void testDeleteAllAnnotations_excludingAutocalculated()
 124   {
 125     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Consensus",
 126             "Consensus", 0.5);
 127     aa.autoCalculated = true;
 128     al.addAnnotation(aa);
 129     AlignmentAnnotation[] anns = al.getAlignmentAnnotation();
 130     assertEquals("Wrong number of annotations before deleting", 4,
 131             anns.length);
 132     al.deleteAllAnnotations(false);
 133     assertEquals("Not just one annotation left", 1,
 134             al.getAlignmentAnnotation().length);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Tests for realigning as per a supplied alignment: Dna as Dna.
 139    *
 140    * Note: AlignedCodonFrame's state variables are named for protein-to-cDNA
 141    * mapping, but can be exploited for a general 'sequence-to-sequence' mapping
 142    * as here.
 143    *
 144    * @throws IOException
 145    */
 146   @Test
 147   public void testAlignAs_dnaAsDna() throws IOException
 148   {
 149     // aligned cDNA:
 150     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 151     // unaligned cDNA:
 152     AlignmentI al2 = loadAlignment(CDNA_SEQS_2, "FASTA");
 153
 154     /*
 155      * Make mappings between sequences. The 'aligned cDNA' is playing the role
 156      * of what would normally be protein here.
 157      */
 158     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 159     MapList ml = new MapList(new int[]
 160     { 1, 12 }, new int[]
 161     { 1, 12 }, 1, 1);
 162     acf.addMap(al2.getSequenceAt(0), al1.getSequenceAt(0), ml);
 163     acf.addMap(al2.getSequenceAt(1), al1.getSequenceAt(1), ml);
 164     al1.addCodonFrame(acf);
 165
 166     ((Alignment) al2).alignAs(al1, false, true);
 167     assertEquals("GC-TC--GUC-GTA-CT", al2.getSequenceAt(0)
 168             .getSequenceAsString());
 169     assertEquals("-GG-GTC--AGG---CAGT", al2.getSequenceAt(1)
 170             .getSequenceAsString());
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Aligning protein from cDNA yet to be implemented, does nothing.
 175    *
 176    * @throws IOException
 177    */
 178   @Test
 179   public void testAlignAs_proteinAsCdna() throws IOException
 180   {
 181     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 182     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, "FASTA");
 183     String before0 = al2.getSequenceAt(0).getSequenceAsString();
 184     String before1 = al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString();
 185
 186     ((Alignment) al2).alignAs(al1, false, true);
 187     assertEquals(before0, al2.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 188     assertEquals(before1, al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Test aligning cdna as per protein alignment.
 193    *
 194    * @throws IOException
 195    */
 196   @Test
 197   public void testAlignAs_cdnaAsProtein() throws IOException
 198   {
 199     /*
 200      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 201      */
 202     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 203     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, "FASTA");
 204     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 205     MapList ml = new MapList(new int[]
 206     { 1, 12 }, new int[]
 207     { 1, 4 }, 3, 1);
 208     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml);
 209     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml);
 210     al2.addCodonFrame(acf);
 211
 212     /*
 213      * Realign DNA; currently keeping existing gaps in introns only
 214      */
 215     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, true);
 216     assertEquals("ACG---GCUCCA------ACT", al1.getSequenceAt(0)
 217             .getSequenceAsString());
 218     assertEquals("---CGT---TAACGA---AGT", al1.getSequenceAt(1)
 219             .getSequenceAsString());
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Test aligning dna as per protein alignment, for the case where there are
 224    * introns (i.e. some dna sites have no mapping from a peptide).
 225    *
 226    * @throws IOException
 227    */
 228   @Test
 229   public void testAlignAs_dnaAsProtein_withIntrons() throws IOException
 230   {
 231     /*
 232      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 233      */
 234     String dna1 = "A-Aa-gG-GCC-cT-TT";
 235     String dna2 = "c--CCGgg-TT--T-AA-A";
 236     AlignmentI al1 = loadAlignment(">Seq1\n" + dna1 + "\n>Seq2\n" + dna2
 237             + "\n", "FASTA");
 238     AlignmentI al2 = loadAlignment(">Seq1\n-P--YK\n>Seq2\nG-T--F\n",
 239             "FASTA");
 240     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 241     // Seq1 has intron at dna positions 3,4,9 so splice is AAG GCC TTT
 242     // Seq2 has intron at dna positions 1,5,6 so splice is CCG TTT AAA
 243     MapList ml1 = new MapList(new int[]
 244     { 1, 2, 5, 8, 10, 12 }, new int[]
 245     { 1, 3 }, 3, 1);
 246     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml1);
 247     MapList ml2 = new MapList(new int[]
 248     { 2, 4, 7, 12 }, new int[]
 249     { 1, 3 }, 3, 1);
 250     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml2);
 251     al2.addCodonFrame(acf);
 252
 253     /*
 254      * Align ignoring gaps in dna introns and exons
 255      */
 256     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, false);
 257     assertEquals("---AAagG------GCCcTTT", al1.getSequenceAt(0)
 258             .getSequenceAsString());
 259     // note 1 gap in protein corresponds to 'gg-' in DNA (3 positions)
 260     assertEquals("cCCGgg-TTT------AAA", al1.getSequenceAt(1)
 261             .getSequenceAsString());
 262
 263     /*
 264      * Reset and realign, preserving gaps in dna introns and exons
 265      */
 266     al1.getSequenceAt(0).setSequence(dna1);
 267     al1.getSequenceAt(1).setSequence(dna2);
 268     ((Alignment) al1).alignAs(al2, true, true);
 269     // String dna1 = "A-Aa-gG-GCC-cT-TT";
 270     // String dna2 = "c--CCGgg-TT--T-AA-A";
 271     // assumption: we include 'the greater of' protein/dna gap lengths, not both
 272     assertEquals("---A-Aa-gG------GCC-cT-TT", al1.getSequenceAt(0)
 273             .getSequenceAsString());
 274     assertEquals("c--CCGgg-TT--T------AA-A", al1.getSequenceAt(1)
 275             .getSequenceAsString());
 276   }
 277 }