test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
   7 import jalview.io.FormatAdapter;
   8 import jalview.util.MapList;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.Iterator;
  12
  13 import org.junit.Before;
  14 import org.junit.Test;
  15
  16 /**
  17  * Unit tests for Alignment datamodel.
  18  *
  19  * @author gmcarstairs
  20  *
  21  */
  22 public class AlignmentTest
  23 {
  24   // @formatter:off
  25   private static final String TEST_DATA =
  26           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  27           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  28           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  29           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  30           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  31           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  32           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  33           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  34           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  35           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n" +
  36           "//";
  37
  38   private static final String AA_SEQS_1 =
  39           ">Seq1Name\n" +
  40           "K-QY--L\n" +
  41           ">Seq2Name\n" +
  42           "-R-FP-W-\n";
  43
  44   private static final String CDNA_SEQS_1 =
  45           ">Seq1Name\n" +
  46           "AC-GG--CUC-CAA-CT\n" +
  47           ">Seq2Name\n" +
  48           "-CG-TTA--ACG---AAGT\n";
  49
  50   private static final String CDNA_SEQS_2 =
  51           ">Seq1Name\n" +
  52           "GCTCGUCGTACT\n" +
  53           ">Seq2Name\n" +
  54           "GGGTCAGGCAGT\n";
  55   // @formatter:on
  56
  57   private AlignmentI al;
  58
  59   /**
  60    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
  61    *
  62    * @param data
  63    * @param format TODO
  64    * @return
  65    * @throws IOException
  66    */
  67   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format) throws IOException
  68   {
  69     Alignment a = new FormatAdapter().readFile(data,
  70             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
  71     a.setDataset(null);
  72     return a;
  73   }
  74
  75   /*
  76    * Read in Stockholm format test data including secondary structure
  77    * annotations.
  78    */
  79   @Before
  80   public void setUp() throws IOException
  81   {
  82     al = loadAlignment(TEST_DATA, "STH");
  83     int i = 0;
  84     for (AlignmentAnnotation ann : al.getAlignmentAnnotation())
  85     {
  86       ann.setCalcId("CalcIdFor"
  87               + al.getSequenceAt(i).getName());
  88       i++;
  89     }
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Test method that returns annotations that match on calcId.
  94    */
  95   @Test
  96   public void testFindAnnotation_byCalcId()
  97   {
  98     Iterable<AlignmentAnnotation> anns = al
  99             .findAnnotation("CalcIdForD.melanogaster.2");
 100     Iterator<AlignmentAnnotation> iter = anns.iterator();
 101     assertTrue(iter.hasNext());
 102     AlignmentAnnotation ann = iter.next();
 103     assertEquals("D.melanogaster.2", ann.sequenceRef.getName());
 104     assertFalse(iter.hasNext());
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Tests for realigning as per a supplied alignment: Dna as Dna.
 109    *
 110    * Note: AlignedCodonFrame's state variables are named for protein-to-cDNA
 111    * mapping, but can be exploited for a general 'sequence-to-sequence' mapping
 112    * as here.
 113    *
 114    * @throws IOException
 115    */
 116   @Test
 117   public void testAlignAs_dnaAsDna() throws IOException
 118   {
 119     // aligned cDNA:
 120     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 121     // unaligned cDNA:
 122     AlignmentI al2 = loadAlignment(CDNA_SEQS_2, "FASTA");
 123
 124     /*
 125      * Make mappings between sequences. The 'aligned cDNA' is playing the role
 126      * of what would normally be protein here.
 127      */
 128     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 129     MapList ml = new MapList(new int[]
 130     { 1, 12 }, new int[]
 131     { 1, 12 }, 1, 1);
 132     acf.addMap(al2.getSequenceAt(0), al1.getSequenceAt(0), ml);
 133     acf.addMap(al2.getSequenceAt(1), al1.getSequenceAt(1), ml);
 134     al1.addCodonFrame(acf);
 135
 136     al2.alignAs(al1);
 137     assertEquals("GC-TC--GUC-GTA-CT", al2.getSequenceAt(0)
 138             .getSequenceAsString());
 139     assertEquals("-GG-GTC--AGG---CAGT", al2.getSequenceAt(1)
 140             .getSequenceAsString());
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Aligning protein from cDNA yet to be implemented, does nothing.
 145    *
 146    * @throws IOException
 147    */
 148   @Test
 149   public void testAlignAs_proteinAsCdna() throws IOException
 150   {
 151     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 152     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, "FASTA");
 153     String before0 = al2.getSequenceAt(0).getSequenceAsString();
 154     String before1 = al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString();
 155
 156     al2.alignAs(al1);
 157     assertEquals(before0, al2.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 158     assertEquals(before1, al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Test aligning cdna as per protein alignment.
 163    *
 164    * @throws IOException
 165    */
 166   @Test
 167   public void testAlignAs_cdnaAsProtein() throws IOException
 168   {
 169     /*
 170      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 171      */
 172     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 173     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, "FASTA");
 174     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 175     MapList ml = new MapList(new int[]
 176     { 1, 12 }, new int[]
 177     { 1, 4 }, 3, 1);
 178     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml);
 179     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml);
 180     al2.addCodonFrame(acf);
 181
 182     al1.alignAs(al2);
 183     assertEquals("ACG---GCUCCA------ACT", al1.getSequenceAt(0)
 184             .getSequenceAsString());
 185     assertEquals("---CGT---TAACGA---AGT---", al1.getSequenceAt(1)
 186             .getSequenceAsString());
 187   }
 188 }