test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7 import jalview.gui.AlignmentPanel;
   8 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.Iterator;
  12
  13 import org.junit.Before;
  14 import org.junit.Test;
  15
  16 /**
  17  * Unit tests for Alignment datamodel.
  18  *
  19  * @author gmcarstairs
  20  *
  21  */
  22 public class AlignmentTest
  23 {
  24   // @formatter:off
  25   private static final String TEST_DATA =
  26           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  27           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  28           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  29           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  30           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  31           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  32           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  33           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  34           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  35           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n";
  36   // @formatter:on
  37
  38
  39   private Alignment al;
  40
  41   /*
  42    * Read in Stockholm format test data including secondary structure
  43    * annotations.
  44    */
  45   @Before
  46   public void setUp() throws IOException
  47   {
  48     al = new jalview.io.FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
  49             AppletFormatAdapter.PASTE, "STH");
  50     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 700, 500);
  51     new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Test method that returns annotations that match on calcId.
  56    */
  57   @Test
  58   public void testFindAnnotation_byCalcId()
  59   {
  60     Iterable<AlignmentAnnotation> anns = al
  61             .findAnnotation("D.melanogaster.3");
  62     Iterator<AlignmentAnnotation> iter = anns.iterator();
  63     assertTrue(iter.hasNext());
  64     AlignmentAnnotation ann = iter.next();
  65     assertEquals("D.melanogaster.3", ann.sequenceRef.getName());
  66     assertFalse(iter.hasNext());
  67   }
  68 }