test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.gui.AlignViewport;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.io.FileLoader;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class AlignmentViewTest
  35 {
  36
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUpJvOptionPane()
  39   {
  40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  42   }
  43
  44   @Test(groups = { "Functional" })
  45   public void testGetVisibleAlignmentGapChar()
  46   {
  47     SeqCigar ss = new SeqCigar(new Sequence("One", "A..CDE"));
  48     CigarArray ca = new CigarArray(new CigarSimple[] { ss });
  49     AlignmentView av = new AlignmentView(ca);
  50     String dots = av.getSequenceStrings('.')[0];
  51     assertEquals(dots, "A..CDE");
  52     String dollars = av.getSequenceStrings('$')[0];
  53     assertEquals(dollars, "A$$CDE");
  54     assertEquals(av.getVisibleAlignment('$').getSequenceAt(0)
  55             .getSequenceAsString(), "A$$CDE");
  56   }
  57
  58   @Test(groups = { "Functional" })
  59   public void testGetVisibleContigs()
  60   {
  61     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  62             ">s1\n0123456789\n", DataSourceType.PASTE);
  63     AlignViewport av = af.getViewport();
  64     AlignmentView view = av.getAlignmentView(true);
  65
  66     /*
  67      * verify getVisibleContigs returns inclusive [start, end] ranges
  68      *
  69      * no columns hidden
  70      */
  71     int[] contigs = view.getVisibleContigs();
  72     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 9 });
  73
  74     /*
  75      * hide 3 internal columns
  76      */
  77     av.hideColumns(5, 7);
  78     // the old AlignmentView is now stale!
  79     contigs = view.getVisibleContigs();
  80     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 9 });
  81     // get a fresh AlignmentView
  82     view = av.getAlignmentView(true);
  83     contigs = view.getVisibleContigs();
  84     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 4, 8, 9 });
  85
  86     // hide first 2 columns
  87     av.hideColumns(0, 1);
  88     view = av.getAlignmentView(true);
  89     contigs = view.getVisibleContigs();
  90     assertEquals(contigs, new int[] { 2, 4, 8, 9 });
  91
  92     // hide last column
  93     av.hideColumns(9, 9);
  94     view = av.getAlignmentView(true);
  95     contigs = view.getVisibleContigs();
  96     assertEquals(contigs, new int[] { 2, 4, 8, 8 });
  97
  98     // unhide columns 5-7
  99     av.showColumn(5);
 100     view = av.getAlignmentView(true);
 101     contigs = view.getVisibleContigs();
 102     assertEquals(contigs, new int[] { 2, 8 });
 103
 104     // hide columns 2-7
 105     av.hideColumns(2, 7);
 106     view = av.getAlignmentView(true);
 107     contigs = view.getVisibleContigs();
 108     assertEquals(contigs, new int[] { 8, 8 });
 109
 110     // hide column 8
 111     av.hideColumns(8, 8);
 112     view = av.getAlignmentView(true);
 113     contigs = view.getVisibleContigs();
 114     assertEquals(contigs, new int[] {});
 115
 116     // unhide all
 117     av.showAllHiddenColumns();
 118     view = av.getAlignmentView(true);
 119     contigs = view.getVisibleContigs();
 120     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 9 });
 121   }
 122 }