create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / datamodel / AllColsIteratorTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import static org.testng.Assert.assertTrue;
24
25 import java.util.NoSuchElementException;
26
27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
28 import org.testng.annotations.Test;
29
30 public class AllColsIteratorTest
31 {
32   HiddenColumns hiddenCols;
33   
34   @BeforeClass
35   public void setup()
36   {
37     hiddenCols = new HiddenColumns();
38    hiddenCols.hideColumns(2,4);
39   }
40   
41
42   /*
43    * Test iterator iterates through collection correctly
44    */
45   @Test(groups = { "Functional" })
46   public void testHasNextAndNext()
47   {
48     AllColsIterator it = new AllColsIterator(0, 3, hiddenCols);
49     int count = 0;
50     while (it.hasNext())
51     {
52       it.next();
53       count++;
54     }
55     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
56   }
57
58   /*
59    * Test iterator throws NoSuchElementException at end of iteration
60    */
61   @Test(
62     groups = { "Functional" },
63     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
64   public void testLastNext() throws NoSuchElementException
65   {
66     AllColsIterator it = new AllColsIterator(0, 3, hiddenCols);
67     while (it.hasNext())
68     {
69       it.next();
70     }
71     it.next();
72   }
73
74   /*
75    * Test iterator throws UnsupportedOperationException on call to remove
76    */
77   @Test(
78     groups = { "Functional" },
79     expectedExceptions = { UnsupportedOperationException.class })
80   public void testRemove() throws UnsupportedOperationException
81   {
82     AllColsIterator it = new AllColsIterator(0, 3, hiddenCols);
83     it.remove();
84   }
85
86   /*
87    * Test iterator behaves correctly when there is only one element in the collection
88    */
89   @Test(groups = { "Functional" })
90   public void testOneElement()
91   {
92     HiddenColumns hidden = new HiddenColumns();
93     AllColsIterator it = new AllColsIterator(0, 0, hidden);
94     int count = 0;
95     while (it.hasNext())
96     {
97       it.next();
98       count++;
99     }
100     assertTrue(count == 1, "hasNext() is false after 1 iteration");
101   }
102 }