test/jalview/datamodel/CigarArrayTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.gui.JvOptionPane;
  26
  27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class CigarArrayTest
  31 {
  32   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  33   public void setUpJvOptionPane()
  34   {
  35     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  36     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  37   }
  38
  39   @Test(groups = "Functional")
  40   public void testConstructor()
  41   {
  42     SequenceI seq1 = new Sequence("sq1",
  43             "ASFDDABACBACBACBACBACBACBABCABCBACBABCAB");
  44     Sequence seq2 = new Sequence("sq2",
  45             "TTTTTTACBCBABCABCABCABCBACBACBABCABCABCBA");
  46
  47     // construct alignment
  48     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  49
  50     // hide columns
  51     HiddenColumns hc = new HiddenColumns();
  52     hc.hideColumns(3, 6);
  53     hc.hideColumns(16, 20);
  54
  55     // select group
  56     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
  57     sg1.addSequence(seq1, false);
  58     sg1.setStartRes(2);
  59     sg1.setEndRes(23);
  60
  61     // Cigar array meanings:
  62     // M = match
  63     // D = deletion
  64     // I = insertion
  65     // number preceding M/D/I is the number of residues which
  66     // match/are deleted/are inserted
  67     // In the CigarArray constructor only matches or deletions are created, as
  68     // we are comparing a sequence to its own subsequence (the group) + hidden
  69     // columns.
  70
  71     // no hidden columns case
  72     CigarArray cig = new CigarArray(al, null, sg1);
  73     String result = cig.getCigarstring();
  74     assertEquals(result, "22M");
  75
  76     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
  77     result = cig.getCigarstring();
  78     assertEquals(result, "1M4D9M5D3M");
  79
  80     // group starts at hidden cols
  81     sg1.setStartRes(3);
  82     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
  83     result = cig.getCigarstring();
  84     assertEquals(result, "4D9M5D3M");
  85
  86     // group starts at last but 1 hidden col
  87     sg1.setStartRes(5);
  88     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
  89     result = cig.getCigarstring();
  90     assertEquals(result, "2D9M5D3M");
  91
  92     // group starts at last hidden col
  93     sg1.setStartRes(6);
  94     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
  95     result = cig.getCigarstring();
  96     assertEquals(result, "1D9M5D3M");
  97
  98     // group starts just after hidden region
  99     sg1.setStartRes(7);
 100     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 101     result = cig.getCigarstring();
 102     assertEquals(result, "9M5D3M");
 103
 104     // group ends just before start of hidden region
 105     sg1.setStartRes(5);
 106     sg1.setEndRes(15);
 107     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 108     result = cig.getCigarstring();
 109     assertEquals(result, "2D9M");
 110
 111     // group ends at start of hidden region
 112     sg1.setEndRes(16);
 113     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 114     result = cig.getCigarstring();
 115     assertEquals(result, "2D9M1D");
 116
 117     // group ends 1 after start of hidden region
 118     sg1.setEndRes(17);
 119     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 120     result = cig.getCigarstring();
 121     assertEquals(result, "2D9M2D");
 122
 123     // group ends at end of hidden region
 124     sg1.setEndRes(20);
 125     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 126     result = cig.getCigarstring();
 127     assertEquals(result, "2D9M5D");
 128
 129     // group ends just after end of hidden region
 130     sg1.setEndRes(21);
 131     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 132     result = cig.getCigarstring();
 133     assertEquals(result, "2D9M5D1M");
 134
 135     // group ends 2 after end of hidden region
 136     sg1.setEndRes(22);
 137     cig = new CigarArray(al, hc, sg1);
 138     result = cig.getCigarstring();
 139     assertEquals(result, "2D9M5D2M");
 140   }
 141 }