test/jalview/datamodel/ContactMatrixTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import org.testng.Assert;
  24 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28
  29 public class ContactMatrixTest
  30 {
  31   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  32   public void setUpJvOptionPane()
  33   {
  34     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  35     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  36   }
  37
  38   /**
  39    * standard asserts for ContactMatrixI
  40    */
  41   public static void testContactMatrixI(ContactMatrixI cm,
  42           boolean symmetric)
  43   {
  44     // assume contact matrix is square for text
  45     ContactListI clist = cm.getContactList(1);
  46
  47     int width = clist.getContactHeight();
  48     Double minValue, maxValue;
  49     minValue = clist.getContactAt(0);
  50     maxValue = minValue;
  51
  52     for (int p = 0; p < width; p++)
  53     {
  54       ContactListI pList = cm.getContactList(p);
  55       for (int q = p; q < width; q++)
  56       {
  57         if (q == p)
  58         {
  59           // compute minMax for pList
  60           minMax(minValue, maxValue, pList);
  61
  62         }
  63         ContactListI qList = cm.getContactList(q);
  64         if (symmetric)
  65         {
  66           Assert.assertEquals(qList.getContactAt(p), pList.getContactAt(q),
  67                   "Contact matrix not symmetric");
  68         }
  69         else
  70         {
  71           Assert.assertNotEquals(qList.getContactAt(p),
  72                   pList.getContactAt(q),
  73                   "Contact matrix expected to be not symmetric");
  74         }
  75       }
  76     }
  77   }
  78
  79   private static void minMax(Double minValue, Double maxValue,
  80           ContactListI pList)
  81   {
  82     int width = pList.getContactHeight();
  83     for (int rowcol = 0; rowcol < width; rowcol++)
  84     {
  85       double v = pList.getContactAt(rowcol);
  86       if (minValue > v)
  87       {
  88         minValue = v;
  89       }
  90       if (maxValue < v)
  91       {
  92         maxValue = v;
  93       }
  94     }
  95   }
  96
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void testminMaxCalc()
  99   {
 100     ContactListI clist = new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
 101     {
 102       double[] val = { 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7 };
 103
 104       @Override
 105       public int getPosition()
 106       {
 107         return 0;
 108       }
 109
 110       @Override
 111       public int getContactHeight()
 112       {
 113         return val.length;
 114       }
 115
 116       @Override
 117       public double getContactAt(int column)
 118       {
 119         if (column < 0 || column >= val.length)
 120         {
 121           return Double.NaN;
 122         }
 123         return val[column];
 124       }
 125
 126     });
 127     // TODO - write test !
 128   }
 129
 130   /**
 131    * test construction and accessors for asymmetric contact matrix
 132    */
 133   @Test(groups = { "Functional" })
 134   public void testAsymmetricContactMatrix()
 135   {
 136     // TODO - write test !
 137
 138   }
 139
 140   /**
 141    * test construction and accessors for symmetric contact matrix
 142    */
 143   @Test(groups = { "Functional" })
 144   public void testSymmetricContactMatrix()
 145   {
 146     // TODO - write test !
 147
 148   }
 149
 150 }