test/jalview/datamodel/MappingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27 import jalview.util.MapList;
  28
  29 import java.util.Arrays;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 /**
  35  * Test class refactored from main method
  36  */
  37 public class MappingTest
  38 {
  39
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpJvOptionPane()
  42   {
  43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  45   }
  46
  47   /**
  48    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
  49    * exon map and a range of visContigs
  50    */
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testIntersectVisContigs()
  53   {
  54     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13, 15, 23 },
  55             new int[]
  56             { 1, 7 }, 3, 1);
  57     Mapping m = new Mapping(fk);
  58     Mapping m_1 = m
  59             .intersectVisContigs(new int[]
  60             { fk.getFromLowest(), fk.getFromHighest() });
  61     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[] { 1, 7, 11, 20 });
  62
  63     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
  64     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges().toArray());
  65     System.out.println(result);
  66     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
  67
  68     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
  69     System.out.println(result);
  70     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
  71   }
  72
  73   @Test(groups = { "Functional" })
  74   public void testToString()
  75   {
  76     /*
  77      * with no sequence
  78      */
  79     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
  80             3, 1);
  81     Mapping m = new Mapping(fk);
  82     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] ", m.toString());
  83
  84     /*
  85      * with a sequence
  86      */
  87     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "");
  88     m = new Mapping(seq, fk);
  89     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] Seq1", m.toString());
  90   }
  91
  92   @Test(groups = { "Functional" })
  93   public void testCopyConstructor()
  94   {
  95     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
  96             3, 1);
  97     SequenceI seq = new Sequence("seq1", "agtacg");
  98     Mapping m = new Mapping(seq, ml);
  99     m.setMappedFromId("abc");
 100     Mapping copy = new Mapping(m);
 101     assertEquals("abc", copy.getMappedFromId());
 102     assertEquals(ml, copy.getMap());
 103     assertSame(seq, copy.getTo());
 104   }
 105 }