test/jalview/datamodel/MappingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27 import jalview.util.MapList;
  28
  29 import java.util.Arrays;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 /**
  35  * Test class refactored from main method
  36  */
  37 public class MappingTest
  38 {
  39
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpJvOptionPane()
  42   {
  43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  45   }
  46
  47   /**
  48    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
  49    * exon map and a range of visContigs
  50    */
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testIntersectVisContigs()
  53   {
  54     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13, 15, 23 }, new int[] {
  55         1, 7 }, 3, 1);
  56     Mapping m = new Mapping(fk);
  57     Mapping m_1 = m.intersectVisContigs(new int[] { fk.getFromLowest(),
  58         fk.getFromHighest() });
  59     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[] { 1, 7, 11, 20 });
  60
  61     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
  62     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges().toArray());
  63     System.out.println(result);
  64     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
  65
  66     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
  67     System.out.println(result);
  68     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void testToString()
  73   {
  74     /*
  75      * with no sequence
  76      */
  77     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
  78             3, 1);
  79     Mapping m = new Mapping(fk);
  80     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] ", m.toString());
  81
  82     /*
  83      * with a sequence
  84      */
  85     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "");
  86     m = new Mapping(seq, fk);
  87     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] Seq1", m.toString());
  88   }
  89
  90   @Test(groups = { "Functional" })
  91   public void testCopyConstructor()
  92   {
  93     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
  94             3, 1);
  95     SequenceI seq = new Sequence("seq1", "agtacg");
  96     Mapping m = new Mapping(seq, ml);
  97     m.setMappedFromId("abc");
  98     Mapping copy = new Mapping(m);
  99     assertEquals("abc", copy.getMappedFromId());
 100     assertEquals(ml, copy.getMap());
 101     assertSame(seq, copy.getTo());
 102   }
 103 }