create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / datamodel / MappingTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
25
26 import jalview.gui.JvOptionPane;
27 import jalview.util.MapList;
28
29 import java.util.Arrays;
30
31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
32 import org.testng.annotations.Test;
33
34 /**
35  * Test class refactored from main method
36  */
37 public class MappingTest
38 {
39
40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
41   public void setUpJvOptionPane()
42   {
43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
45   }
46
47   /**
48    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
49    * exon map and a range of visContigs
50    */
51   @Test(groups = { "Functional" })
52   public void testIntersectVisContigs()
53   {
54     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13, 15, 23 }, new int[] {
55         1, 7 }, 3, 1);
56     Mapping m = new Mapping(fk);
57     Mapping m_1 = m.intersectVisContigs(new int[] { fk.getFromLowest(),
58         fk.getFromHighest() });
59     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[] { 1, 7, 11, 20 });
60
61     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
62     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges().toArray());
63     System.out.println(result);
64     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
65
66     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
67     System.out.println(result);
68     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
69   }
70
71   @Test(groups = { "Functional" })
72   public void testToString()
73   {
74     /*
75      * with no sequence
76      */
77     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
78             3, 1);
79     Mapping m = new Mapping(fk);
80     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] ", m.toString());
81
82     /*
83      * with a sequence
84      */
85     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "");
86     m = new Mapping(seq, fk);
87     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] Seq1", m.toString());
88   }
89
90   @Test(groups = { "Functional" })
91   public void testCopyConstructor()
92   {
93     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
94             3, 1);
95     SequenceI seq = new Sequence("seq1", "agtacg");
96     Mapping m = new Mapping(seq, ml);
97     m.setMappedFromId("abc");
98     Mapping copy = new Mapping(m);
99     assertEquals("abc", copy.getMappedFromId());
100     assertEquals(ml, copy.getMap());
101     assertSame(seq, copy.getTo());
102   }
103 }