create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / datamodel / MatchTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
26
27 import jalview.gui.JvOptionPane;
28
29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
30 import org.testng.annotations.Test;
31
32 public class MatchTest
33 {
34
35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
36   public void setUpJvOptionPane()
37   {
38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
40   }
41
42   @Test(groups = { "Functional" })
43   public void testToString()
44   {
45     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcdefghijklm");
46     SearchResultMatchI m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
47     assertEquals("Seq1/3-5", m.toString());
48   }
49
50   @Test(groups = { "Functional" })
51   public void testEquals()
52   {
53     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
54     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
55     SearchResultsI sr1 = new SearchResults();
56     SearchResultsI sr2 = new SearchResults();
57
58     assertFalse(sr1.equals(null));
59     assertFalse(sr1.equals(seq1));
60     assertTrue(sr1.equals(sr1));
61     assertTrue(sr1.equals(sr2));
62     assertTrue(sr2.equals(sr1));
63
64     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
65     assertFalse(sr1.equals(sr2));
66     assertFalse(sr2.equals(sr1));
67
68     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
69     assertTrue(sr1.equals(sr2));
70     assertTrue(sr2.equals(sr1));
71
72     /*
73      * same match but on different sequences - not equal
74      */
75     SearchResultsI sr3 = new SearchResults();
76     sr3.addResult(seq2, 1, 1);
77     assertFalse(sr1.equals(sr3));
78     assertFalse(sr3.equals(sr1));
79
80     /*
81      * same sequence but different end position - not equal
82      */
83     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
84     sr2.addResult(seq1, 3, 5);
85     assertFalse(sr1.equals(sr2));
86
87     /*
88      * same sequence but different start position - not equal
89      */
90     sr1 = new SearchResults();
91     sr2 = new SearchResults();
92     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
93     sr2.addResult(seq1, 2, 4);
94     assertFalse(sr1.equals(sr2));
95   }
96 }