test/jalview/datamodel/MatchTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
   7
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class MatchTest
  11 {
  12
  13   @Test(groups = { "Functional" })
  14   public void testToString()
  15   {
  16     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  17     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  18     assertEquals("2cde", m.toString());
  19   }
  20
  21   @Test(groups = { "Functional" })
  22   public void testGetCharacters()
  23   {
  24     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  25     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  26     assertEquals("cde", m.getCharacters());
  27   }
  28
  29   @Test(groups = { "Functional" })
  30   public void testEquals()
  31   {
  32     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  33     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  34     SearchResults sr1 = new SearchResults();
  35     SearchResults sr2 = new SearchResults();
  36
  37     assertFalse(sr1.equals(null));
  38     assertFalse(sr1.equals(seq1));
  39     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  40     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  41     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  42
  43     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  44     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  45     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  46
  47     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
  48     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  49     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  50
  51     /*
  52      * same match but on different sequences - not equal
  53      */
  54     SearchResults sr3 = new SearchResults();
  55     sr3.addResult(seq2, 1, 1);
  56     assertFalse(sr1.equals(sr3));
  57     assertFalse(sr3.equals(sr1));
  58
  59     /*
  60      * same sequence but different end position - not equal
  61      */
  62     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  63     sr2.addResult(seq1, 3, 5);
  64     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  65
  66     /*
  67      * same sequence but different start position - not equal
  68      */
  69     sr1 = new SearchResults();
  70     sr2 = new SearchResults();
  71     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  72     sr2.addResult(seq1, 2, 4);
  73     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  74   }
  75 }