test/jalview/datamodel/MatchTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class MatchTest
  12 {
  13
  14   @Test(groups = { "Functional" })
  15   public void testToString()
  16   {
  17     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  18     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  19     assertEquals("2cde", m.toString());
  20   }
  21
  22   @Test(groups = { "Functional" })
  23   public void testGetCharacters()
  24   {
  25     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  26     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  27     assertEquals("cde", m.getCharacters());
  28   }
  29
  30   @Test(groups = { "Functional" })
  31   public void testEquals()
  32   {
  33     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  34     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  35     SearchResults sr1 = new SearchResults();
  36     SearchResults sr2 = new SearchResults();
  37
  38     assertFalse(sr1.equals(null));
  39     assertFalse(sr1.equals(seq1));
  40     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  41     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  42     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  43
  44     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  45     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  46     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  47
  48     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
  49     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  50     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  51
  52     /*
  53      * same match but on different sequences - not equal
  54      */
  55     SearchResults sr3 = new SearchResults();
  56     sr3.addResult(seq2, 1, 1);
  57     assertFalse(sr1.equals(sr3));
  58     assertFalse(sr3.equals(sr1));
  59
  60     /*
  61      * same sequence but different end position - not equal
  62      */
  63     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  64     sr2.addResult(seq1, 3, 5);
  65     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  66
  67     /*
  68      * same sequence but different start position - not equal
  69      */
  70     sr1 = new SearchResults();
  71     sr2 = new SearchResults();
  72     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  73     sr2.addResult(seq1, 2, 4);
  74     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  75   }
  76 }