test/jalview/datamodel/SequenceDummyTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 @Test
  32 public class SequenceDummyTest
  33 {
  34
  35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  36   public void setUpJvOptionPane()
  37   {
  38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  40   }
  41
  42   /**
  43    * test for become method
  44    */
  45   @Test(groups = { "Functional" })
  46   public void testBecome()
  47   {
  48     SequenceI seq = new Sequence("OrigSeq", "ASEQUENCE");
  49     SequenceFeature ofeat = new SequenceFeature("NewFeat", "somedesc", 3,
  50             12, 2.3f, "none");
  51
  52     SequenceDummy dummySeq = new SequenceDummy("OrigSeq");
  53     dummySeq.addSequenceFeature(ofeat);
  54     dummySeq.become(seq);
  55     assertFalse("Dummy sequence did not become a full sequence",
  56             dummySeq.isDummy());
  57     assertTrue("Sequence was not updated from template", seq
  58             .getSequenceAsString().equals(dummySeq.getSequenceAsString()));
  59     boolean found = false;
  60     for (SequenceFeature sf : dummySeq.getSequenceFeatures())
  61     {
  62       if (sf == ofeat)
  63       {
  64         found = true;
  65         break;
  66       }
  67     }
  68     assertTrue("Didn't retain original sequence feature", found);
  69
  70     // todo - should test all aspect of copy constructor
  71   }
  72 }