test/jalview/datamodel/VisibleColsIteratorTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  24
  25 import java.util.NoSuchElementException;
  26
  27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class VisibleColsIteratorTest
  31 {
  32   HiddenColumns hiddenCols;
  33
  34   HiddenColumns hiddenColsAtStart;
  35
  36   @BeforeClass(groups = { "Functional" })
  37   public void setup()
  38   {
  39     hiddenCols = new HiddenColumns();
  40     hiddenCols.hideColumns(2, 4);
  41
  42     hiddenColsAtStart = new HiddenColumns();
  43     hiddenColsAtStart.hideColumns(0, 2);
  44   }
  45
  46   /*
  47    * Test iterator iterates correctly through the columns
  48    * when alignment has hidden cols
  49    */
  50   @Test(groups = { "Functional" })
  51   public void testHasNextAndNextWithHidden()
  52   {
  53     VisibleColsIterator it = new VisibleColsIterator(0, 6, hiddenCols);
  54     int count = 0;
  55     while (it.hasNext())
  56     {
  57       it.next();
  58       count++;
  59     }
  60     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
  61   }
  62
  63   /*
  64    * Test iterator iterates correctly through the columns
  65    * when alignment has no hidden cols
  66    */
  67   @Test(groups = { "Functional" })
  68   public void testHasNextAndNextNoHidden()
  69   {
  70     VisibleColsIterator it2 = new VisibleColsIterator(0, 3,
  71             new HiddenColumns());
  72     int count = 0;
  73     while (it2.hasNext())
  74     {
  75       it2.next();
  76       count++;
  77     }
  78     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
  79   }
  80
  81   /*
  82    * Test iterator iterates correctly through the columns
  83    * when alignment has hidden cols at start
  84    */
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void testHasNextAndNextStartHidden()
  87   {
  88     VisibleColsIterator it3 = new VisibleColsIterator(0, 6,
  89             hiddenColsAtStart);
  90     int count = 0;
  91     while (it3.hasNext())
  92     {
  93       it3.next();
  94       count++;
  95     }
  96     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
  97   }
  98
  99   /*
 100    * Test iterator iterates correctly through the columns
 101    * when alignment has hidden cols at end
 102    */
 103   @Test(groups = { "Functional" })
 104   public void testHasNextAndNextEndHidden()
 105   {
 106     VisibleColsIterator it4 = new VisibleColsIterator(0, 4, hiddenCols);
 107     int count = 0;
 108     while (it4.hasNext())
 109     {
 110       it4.next();
 111       count++;
 112     }
 113     assertTrue(count == 2, "hasNext() is false after 2 iterations");
 114
 115   }
 116
 117   /*
 118    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 119    * when alignment has hidden cols
 120    */
 121   @Test(
 122     groups = { "Functional" },
 123     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 124   public void testLastNextWithHidden() throws NoSuchElementException
 125   {
 126     VisibleColsIterator it = new VisibleColsIterator(0, 3, hiddenCols);
 127     while (it.hasNext())
 128     {
 129       it.next();
 130     }
 131     it.next();
 132   }
 133
 134   /*
 135    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 136    * when alignment has no hidden cols
 137    */
 138   @Test(
 139     groups = { "Functional" },
 140     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 141   public void testLastNextNoHidden() throws NoSuchElementException
 142   {
 143     VisibleColsIterator it2 = new VisibleColsIterator(0, 3,
 144             new HiddenColumns());
 145     while (it2.hasNext())
 146     {
 147       it2.next();
 148     }
 149     it2.next();
 150   }
 151
 152   /*
 153    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 154    * when alignment has hidden cols at start
 155    */
 156   @Test(
 157     groups = { "Functional" },
 158     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 159   public void testLastNextStartHidden() throws NoSuchElementException
 160   {
 161     VisibleColsIterator it3 = new VisibleColsIterator(0, 6,
 162             hiddenColsAtStart);
 163     while (it3.hasNext())
 164     {
 165       it3.next();
 166     }
 167     it3.next();
 168   }
 169
 170   /*
 171    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 172    * when alignment has hidden cols at end
 173    */
 174   @Test(
 175     groups = { "Functional" },
 176     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 177   public void testLastNextEndHidden() throws NoSuchElementException
 178   {
 179     VisibleColsIterator it4 = new VisibleColsIterator(0, 4, hiddenCols);
 180     while (it4.hasNext())
 181     {
 182       it4.next();
 183     }
 184     it4.next();
 185   }
 186
 187   /*
 188    * Test calls to remove throw UnsupportedOperationException
 189    */
 190   @Test(
 191     groups = { "Functional" },
 192     expectedExceptions = { UnsupportedOperationException.class })
 193   public void testRemove() throws UnsupportedOperationException
 194   {
 195     VisibleColsIterator it = new VisibleColsIterator(0, 3, hiddenCols);
 196     it.remove();
 197   }
 198 }