JFrame fix for Window->JComponent
[jalview.git] / test / jalview / datamodel / VisibleContigsIteratorTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
26
27 import java.util.ArrayList;
28 import java.util.List;
29
30 import org.testng.annotations.Test;
31
32 public class VisibleContigsIteratorTest
33 {
34   /**
35    * Test the iterator with single visible regions
36    */
37   @Test(groups = { "Functional" })
38   public void testSimpleVisibleRegions()
39   {
40     List<int[]> hiddenColumns = null;
41
42     // null hidden columns
43     VisibleContigsIterator it = new VisibleContigsIterator(3, 10,
44             hiddenColumns);
45     assertTrue(it.hasNext());
46     assertFalse(it.endsAtHidden());
47     int[] result = it.next();
48     assertEquals(3, result[0]);
49     assertEquals(9, result[1]);
50     assertFalse(it.hasNext());
51     assertFalse(it.endsAtHidden());
52
53     hiddenColumns = new ArrayList<>();
54
55     // no hidden columns
56     it = new VisibleContigsIterator(3, 10,
57             hiddenColumns);
58     assertTrue(it.hasNext());
59     assertFalse(it.endsAtHidden());
60     result = it.next();
61     assertEquals(3, result[0]);
62     assertEquals(9, result[1]);
63     assertFalse(it.hasNext());
64     assertFalse(it.endsAtHidden());
65
66     // hidden columns, but not where we are looking
67     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
68     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
69
70     it = new VisibleContigsIterator(2, 3, hiddenColumns);
71     assertTrue(it.hasNext());
72     assertFalse(it.endsAtHidden());
73     result = it.next();
74     assertEquals(2, result[0]);
75     assertEquals(2, result[1]);
76     assertFalse(it.hasNext());
77     assertFalse(it.endsAtHidden());
78
79     it = new VisibleContigsIterator(5, 7, hiddenColumns);
80     assertFalse(it.hasNext());
81     assertFalse(it.endsAtHidden());
82
83     it = new VisibleContigsIterator(11, 15, hiddenColumns);
84     assertTrue(it.hasNext());
85     assertFalse(it.endsAtHidden());
86     result = it.next();
87     assertEquals(11, result[0]);
88     assertEquals(14, result[1]);
89     assertFalse(it.hasNext());
90     assertFalse(it.endsAtHidden());
91
92     it = new VisibleContigsIterator(50, 60, hiddenColumns);
93     assertTrue(it.hasNext());
94     assertFalse(it.endsAtHidden());
95     result = it.next();
96     assertEquals(50, result[0]);
97     assertEquals(59, result[1]);
98     assertFalse(it.hasNext());
99     assertFalse(it.endsAtHidden());
100   }
101
102   /**
103    * Test the iterator with multiple visible regions
104    */
105   @Test(groups = { "Functional" })
106   public void testMultipleVisibleRegions()
107   {
108     List<int[]> hiddenColumns = new ArrayList<>();
109     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
110     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
111
112     // all hidden columns covered
113     VisibleContigsIterator it = new VisibleContigsIterator(3, 50,
114             hiddenColumns);
115     assertTrue(it.hasNext());
116     assertFalse(it.endsAtHidden());
117     int[] result = it.next();
118     assertEquals(3, result[0]);
119     assertEquals(4, result[1]);
120
121     assertTrue(it.hasNext());
122     assertFalse(it.endsAtHidden());
123     result = it.next();
124     assertEquals(11, result[0]);
125     assertEquals(24, result[1]);
126
127     assertTrue(it.hasNext());
128     assertFalse(it.endsAtHidden());
129     result = it.next();
130     assertEquals(41, result[0]);
131     assertEquals(49, result[1]);
132
133     assertFalse(it.hasNext());
134     assertFalse(it.endsAtHidden());
135   }
136
137   /**
138    * Test the iterator with regions which start/end at hidden region edges
139    */
140   @Test(groups = { "Functional" })
141   public void testVisibleRegionsAtHiddenEdges()
142   {
143     List<int[]> hiddenColumns = new ArrayList<>();
144     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
145     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
146
147     VisibleContigsIterator it = new VisibleContigsIterator(0, 10,
148             hiddenColumns);
149     assertTrue(it.hasNext());
150     assertTrue(it.endsAtHidden());
151     int[] result = it.next();
152     assertEquals(0, result[0]);
153     assertEquals(4, result[1]);
154     assertFalse(it.hasNext());
155     assertTrue(it.endsAtHidden());
156
157     it = new VisibleContigsIterator(2, 11, hiddenColumns);
158     assertTrue(it.hasNext());
159     assertTrue(it.endsAtHidden());
160     result = it.next();
161     assertEquals(2, result[0]);
162     assertEquals(4, result[1]);
163     assertFalse(it.hasNext());
164     assertTrue(it.endsAtHidden());
165
166     it = new VisibleContigsIterator(2, 12, hiddenColumns);
167     assertTrue(it.hasNext());
168     assertFalse(it.endsAtHidden());
169     result = it.next();
170     assertEquals(2, result[0]);
171     assertEquals(4, result[1]);
172     assertTrue(it.hasNext());
173     assertFalse(it.endsAtHidden());
174     result = it.next();
175     assertEquals(11, result[0]);
176     assertEquals(11, result[1]);
177     assertFalse(it.hasNext());
178     assertFalse(it.endsAtHidden());
179
180     it = new VisibleContigsIterator(13, 25, hiddenColumns);
181     assertTrue(it.hasNext());
182     assertFalse(it.endsAtHidden());
183     result = it.next();
184     assertEquals(13, result[0]);
185     assertEquals(24, result[1]);
186     assertFalse(it.hasNext());
187
188     it = new VisibleContigsIterator(13, 26, hiddenColumns);
189     assertTrue(it.hasNext());
190     assertTrue(it.endsAtHidden());
191     result = it.next();
192     assertEquals(13, result[0]);
193     assertEquals(24, result[1]);
194     assertFalse(it.hasNext());
195
196     it = new VisibleContigsIterator(13, 27, hiddenColumns);
197     assertTrue(it.hasNext());
198     assertTrue(it.endsAtHidden());
199     result = it.next();
200     assertEquals(13, result[0]);
201     assertEquals(24, result[1]);
202     assertFalse(it.hasNext());
203
204     it = new VisibleContigsIterator(13, 41, hiddenColumns);
205     assertTrue(it.hasNext());
206     assertTrue(it.endsAtHidden());
207     result = it.next();
208     assertEquals(13, result[0]);
209     assertEquals(24, result[1]);
210     assertFalse(it.hasNext());
211
212     it = new VisibleContigsIterator(13, 42, hiddenColumns);
213     assertTrue(it.hasNext());
214     assertFalse(it.endsAtHidden());
215     result = it.next();
216     assertEquals(13, result[0]);
217     assertEquals(24, result[1]);
218     assertTrue(it.hasNext());
219     result = it.next();
220     assertEquals(41, result[0]);
221     assertEquals(41, result[1]);
222   }
223 }