test/jalview/datamodel/features/NCListTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Collections;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class NCListTest
  12 {
  13   class Range implements ContiguousI
  14   {
  15     int start;
  16
  17     int end;
  18
  19     @Override
  20     public int getBegin()
  21     {
  22       return start;
  23     }
  24
  25     @Override
  26     public int getEnd()
  27     {
  28       return end;
  29     }
  30
  31     Range(int i, int j)
  32     {
  33       start = i;
  34       end = j;
  35     }
  36
  37     @Override
  38     public String toString() {
  39       return String.valueOf(start) + "-" + String.valueOf(end);
  40     }
  41   }
  42
  43   /**
  44    * A basic sanity test of the constructor
  45    */
  46   @Test(groups = "Functional")
  47   public void testConstructor()
  48   {
  49     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
  50     ranges.add(new Range(20, 20));
  51     ranges.add(new Range(10, 20));
  52     ranges.add(new Range(15, 30));
  53     ranges.add(new Range(10, 30));
  54     ranges.add(new Range(11, 19));
  55     ranges.add(new Range(10, 20));
  56     ranges.add(new Range(1, 100));
  57
  58     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
  59     String expected = "[1-100 [10-30 [10-20 [10-20 [11-19]]]], 15-30 [20-20]]";
  60     assertEquals(ncl.toString(), expected);
  61
  62     Collections.reverse(ranges);
  63     ncl = new NCList<Range>(ranges);
  64     assertEquals(ncl.toString(), expected);
  65   }
  66
  67   @Test(groups = "Functional")
  68   public void testFindOverlaps()
  69   {
  70     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
  71     ranges.add(new Range(20, 50));
  72     ranges.add(new Range(30, 70));
  73     ranges.add(new Range(1, 100));
  74     ranges.add(new Range(70, 120));
  75
  76     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
  77
  78     List<Range> overlaps = ncl.findOverlaps(121, 122);
  79     assertEquals(overlaps.size(), 0);
  80
  81     overlaps = ncl.findOverlaps(21, 22);
  82     assertEquals(overlaps.size(), 2);
  83     assertEquals(((ContiguousI) overlaps.get(0)).getBegin(), 1);
  84     assertEquals(((ContiguousI) overlaps.get(0)).getEnd(), 100);
  85     assertEquals(((ContiguousI) overlaps.get(1)).getBegin(), 20);
  86     assertEquals(((ContiguousI) overlaps.get(1)).getEnd(), 50);
  87
  88     overlaps = ncl.findOverlaps(110, 110);
  89     assertEquals(overlaps.size(), 1);
  90     assertEquals(((ContiguousI) overlaps.get(0)).getBegin(), 70);
  91     assertEquals(((ContiguousI) overlaps.get(0)).getEnd(), 120);
  92   }
  93
  94   @Test(groups = "Functional")
  95   public void testAdd_onTheEnd()
  96   {
  97     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
  98     ranges.add(new Range(20, 50));
  99     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
 100     assertEquals(ncl.toString(), "[20-50]");
 101
 102     ncl.add(new Range(60, 70));
 103     assertEquals(ncl.toString(), "[20-50, 60-70]");
 104   }
 105
 106   @Test(groups = "Functional")
 107   public void testAdd_inside()
 108   {
 109     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
 110     ranges.add(new Range(20, 50));
 111     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
 112     assertEquals(ncl.toString(), "[20-50]");
 113
 114     ncl.add(new Range(30, 40));
 115     assertEquals(ncl.toString(), "[20-50 [30-40]]");
 116   }
 117
 118   @Test(groups = "Functional")
 119   public void testAdd_onTheFront()
 120   {
 121     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
 122     ranges.add(new Range(20, 50));
 123     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
 124     assertEquals(ncl.toString(), "[20-50]");
 125
 126     ncl.add(new Range(5, 15));
 127     assertEquals(ncl.toString(), "[5-15, 20-50]");
 128   }
 129
 130   @Test(groups = "Functional")
 131   public void testAdd_enclosing()
 132   {
 133     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
 134     ranges.add(new Range(20, 50));
 135     ranges.add(new Range(30, 60));
 136     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
 137     assertEquals(ncl.toString(), "[20-50, 30-60]");
 138
 139     ncl.add(new Range(10, 70));
 140     assertEquals(ncl.toString(), "[10-70 [20-50, 30-60]");
 141   }
 142
 143   @Test(groups = "Functional")
 144   public void testAdd_spanning()
 145   {
 146     List<Range> ranges = new ArrayList<Range>();
 147     ranges.add(new Range(20, 40));
 148     ranges.add(new Range(60, 70));
 149     NCList<Range> ncl = new NCList<Range>(ranges);
 150     assertEquals(ncl.toString(), "[20-40, 60-70]");
 151
 152     ncl.add(new Range(30, 50));
 153     assertEquals(ncl.toString(), "[20-40, 30-50, 60-70]");
 154
 155     ncl.add(new Range(40, 65));
 156     assertEquals(ncl.toString(), "[20-40, 30-50, 40-65, 60-70]");
 157   }
 158 }