test/jalview/datamodel/features/NCNodeTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   8
   9 import java.util.ArrayList;
  10 import java.util.List;
  11
  12 import junit.extensions.PA;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class NCNodeTest
  17 {
  18   @Test(groups = "Functional")
  19   public void testAdd()
  20   {
  21     Range r1 = new Range(10, 20);
  22     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  23     assertEquals(node.getBegin(), 10);
  24     Range r2 = new Range(10, 15);
  25     node.add(r2);
  26
  27     List<Range> contents = new ArrayList<Range>();
  28     node.getEntries(contents);
  29     assertEquals(contents.size(), 2);
  30     assertTrue(contents.contains(r1));
  31     assertTrue(contents.contains(r2));
  32   }
  33
  34   @Test(
  35     groups = "Functional",
  36     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  37   public void testAdd_invalidRangeStart()
  38   {
  39     Range r1 = new Range(10, 20);
  40     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  41     assertEquals(node.getBegin(), 10);
  42     Range r2 = new Range(9, 15);
  43     node.add(r2);
  44   }
  45
  46   @Test(
  47     groups = "Functional",
  48     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  49   public void testAdd_invalidRangeEnd()
  50   {
  51     Range r1 = new Range(10, 20);
  52     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  53     assertEquals(node.getBegin(), 10);
  54     Range r2 = new Range(12, 21);
  55     node.add(r2);
  56   }
  57
  58   @Test(groups = "Functional")
  59   public void testGetEntries()
  60   {
  61     Range r1 = new Range(10, 20);
  62     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  63     List<Range> entries = new ArrayList<Range>();
  64
  65     node.getEntries(entries);
  66     assertEquals(entries.size(), 1);
  67     assertTrue(entries.contains(r1));
  68
  69     // clearing the returned list does not affect the NCNode
  70     entries.clear();
  71     node.getEntries(entries);
  72     assertEquals(entries.size(), 1);
  73     assertTrue(entries.contains(r1));
  74
  75     Range r2 = new Range(15, 18);
  76     node.add(r2);
  77     entries.clear();
  78     node.getEntries(entries);
  79     assertEquals(entries.size(), 2);
  80     assertTrue(entries.contains(r1));
  81     assertTrue(entries.contains(r2));
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Tests for the contains method (uses entry.equals() test)
  86    */
  87   @Test(groups = "Functional")
  88   public void testContains()
  89   {
  90     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  91             "group");
  92     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  93             "group");
  94     SequenceFeature sf3 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  95             "anothergroup");
  96     NCNode<SequenceFeature> node = new NCNode<SequenceFeature>(sf1);
  97
  98     assertFalse(node.contains(null));
  99     assertTrue(node.contains(sf1));
 100     assertTrue(node.contains(sf2)); // sf1.equals(sf2)
 101     assertFalse(node.contains(sf3)); // !sf1.equals(sf3)
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Test method that checks for valid structure. Valid means that all
 106    * subregions (if any) lie within the root range, and that all subregions have
 107    * valid structure.
 108    */
 109   @Test(groups = "Functional")
 110   public void testIsValid()
 111   {
 112     Range r1 = new Range(10, 20);
 113     Range r2 = new Range(14, 15);
 114     Range r3 = new Range(16, 17);
 115     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
 116     node.add(r2);
 117     node.add(r3);
 118
 119     /*
 120      * node has root range [10-20] and contains an
 121      * NCList of [14-15, 16-17]
 122      */
 123     assertTrue(node.isValid());
 124     PA.setValue(r1, "start", 15);
 125     assertFalse(node.isValid()); // r2 not within r1
 126     PA.setValue(r1, "start", 10);
 127     assertTrue(node.isValid());
 128     PA.setValue(r1, "end", 16);
 129     assertFalse(node.isValid()); // r3 not within r1
 130     PA.setValue(r1, "end", 20);
 131     assertTrue(node.isValid());
 132     PA.setValue(r3, "start", 12);
 133     assertFalse(node.isValid()); // r3 should precede r2
 134   }
 135 }