test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5
   6 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
   7 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.Arrays;
  13 import java.util.List;
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  15 import org.testng.annotations.Test;
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  17 public class EmblEntryTest
  18 {
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testGetCdsRanges()
  21   {
  22     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  23
  24     /*
  25      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
  26      */
  27     EmblFeature cds = new EmblFeature();
  28     cds.setLocation("join(10..20,complement(30..40),50..60,70..80,complement(110..120))");
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  30     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
  31     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110]",
  32             Arrays.toString(exons));
  33   }
  34
  35   @Test(groups = "Functional")
  36   public void testParseCodingFeature()
  37   {
  38     // not the whole sequence but enough for this test...
  39     SequenceI dna = new Sequence("J03321", "GGATCCGTAAGTTAGACGAAATT");
  40     List<SequenceI> peptides = new ArrayList<SequenceI>();
  41     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
  42     EmblFile ef = EmblTestHelper.getEmblFile();
  43
  44     /*
  45      * parse two CDS features, one with two Uniprot cross-refs,
  46      * the other with one
  47      */
  48     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  49     for (EmblFeature feature : ef.getEntries().get(0).getFeatures())
  50     {
  51       if ("CDS".equals(feature.getName()))
  52       {
  53         testee.parseCodingFeature(feature, "EMBL", dna, peptides, matcher);
  54       }
  55     }
  56
  57     /*
  58      * peptides should now have five entries:
  59      * EMBL product and two Uniprot accessions for the first CDS / translation
  60      * EMBL product and one Uniprot accession for the second CDS / translation
  61      */
  62     assertEquals(5, peptides.size());
  63     assertEquals("CAA30420.1", peptides.get(0).getName());
  64     assertEquals("MLCF", peptides.get(0).getSequenceAsString());
  65     assertEquals("UNIPROT|B0BCM4", peptides.get(1).getName());
  66     assertEquals("MLCF", peptides.get(1).getSequenceAsString());
  67     assertEquals("UNIPROT|P0CE20", peptides.get(2).getName());
  68     assertEquals("MLCF", peptides.get(2).getSequenceAsString());
  69     assertEquals("CAA30421.1", peptides.get(3).getName());
  70     assertEquals("MSSS", peptides.get(3).getSequenceAsString());
  71     assertEquals("UNIPROT|B0BCM3", peptides.get(4).getName());
  72     assertEquals("MSSS", peptides.get(4).getSequenceAsString());
  73
  74     /*
  75      * verify dna sequence has dbrefs with mappings to the peptide 'products'
  76      */
  77     DBRefEntry[] dbrefs = dna.getDBRefs();
  78     assertEquals(3, dbrefs.length);
  79     DBRefEntry dbRefEntry = dbrefs[0];
  80     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
  81     assertEquals("B0BCM4", dbRefEntry.getAccessionId());
  82     assertSame(peptides.get(1), dbRefEntry.getMap().getTo());
  83     List<int[]> fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
  84     assertEquals(1, fromRanges.size());
  85     assertEquals(57, fromRanges.get(0)[0]);
  86     assertEquals(46, fromRanges.get(0)[1]);
  87     List<int[]> toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
  88     assertEquals(1, toRanges.size());
  89     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
  90     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
  91
  92     dbRefEntry = dbrefs[1];
  93     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
  94     assertEquals("P0CE20", dbRefEntry.getAccessionId());
  95     assertSame(peptides.get(2), dbRefEntry.getMap().getTo());
  96     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
  97     assertEquals(1, fromRanges.size());
  98     assertEquals(57, fromRanges.get(0)[0]);
  99     assertEquals(46, fromRanges.get(0)[1]);
 100     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
 101     assertEquals(1, toRanges.size());
 102     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 103     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
 104
 105     dbRefEntry = dbrefs[2];
 106     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
 107     assertEquals("B0BCM3", dbRefEntry.getAccessionId());
 108     assertSame(peptides.get(4), dbRefEntry.getMap().getTo());
 109     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
 110     assertEquals(1, fromRanges.size());
 111     assertEquals(4, fromRanges.get(0)[0]);
 112     assertEquals(15, fromRanges.get(0)[1]);
 113     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
 114     assertEquals(1, toRanges.size());
 115     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 116     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
 117   }
 118 }