test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class EmblFileTest
  33 {
  34
  35   @Test(groups = { "Functional" })
  36   public void testGetEmblFile()
  37   {
  38     Vector<EmblEntry> entries = EmblTestHelper.getEmblFile().getEntries();
  39     assertEquals(1, entries.size());
  40     EmblEntry entry = entries.get(0);
  41
  42     assertEquals("X53828", entry.getAccession());
  43     assertEquals(
  44             "Chicken LDH-A mRNA for lactate dehydrogenase A chain (EC 1.1.1.27)",
  45             entry.getDesc());
  46     assertEquals("2005-04-18", entry.getLastUpdated());
  47     assertEquals("mRNA", entry.getMoleculeType());
  48     assertEquals("1", entry.getSequenceVersion());
  49     assertEquals("3", entry.getEntryVersion());
  50     assertEquals("linear", entry.getTopology());
  51     assertEquals("1575", entry.getSequenceLength());
  52
  53     /*
  54      * FIXME these assertions fail - values are null - why?? Adding or removing
  55      * attributes in the test XML modifies behaviour. eg. inserting an attribute
  56      * _before_ lastUpdated results in a null value in this field.
  57      */
  58     // assertEquals("25", entry.getRCreated());
  59     // assertEquals("83", entry.getRLastUpdated());
  60
  61     assertEquals(2, entry.getKeywords().size());
  62     assertEquals("L-lactate dehydrogenase", entry.getKeywords().get(0));
  63     assertEquals("chutney", entry.getKeywords().get(1));
  64
  65     /*
  66      * dbrefs
  67      */
  68     assertEquals(2, entry.getDbRefs().size());
  69     DBRefEntry dbref = entry.getDbRefs().get(0);
  70     assertEquals("EuropePMC", dbref.getSource());
  71     assertEquals("PMC1460223", dbref.getAccessionId());
  72     assertEquals("9649548", dbref.getVersion());
  73     dbref = entry.getDbRefs().get(1);
  74     assertEquals("MD5", dbref.getSource());
  75     assertEquals("d3b68", dbref.getAccessionId());
  76     // blank version has been converted to "0"
  77     assertEquals("0", dbref.getVersion());
  78
  79     /*
  80      * sequence feature for CDS
  81      */
  82     assertEquals(1, entry.getFeatures().size());
  83     EmblFeature ef = entry.getFeatures().get(0);
  84     assertEquals("CDS", ef.getName());
  85     assertEquals("60..1058", ef.getLocation());
  86     assertEquals(2, ef.getDbRefs().size());
  87     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
  88     assertEquals("GOA", dbref.getSource());
  89     assertEquals("P00340", dbref.getAccessionId());
  90     assertEquals("2.1", dbref.getVersion());
  91     dbref = ef.getDbRefs().get(1);
  92     assertEquals("InterPro", dbref.getSource());
  93     assertEquals("IPR001236", dbref.getAccessionId());
  94     // blank version converted to "0":
  95     assertEquals("0", dbref.getVersion());
  96     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
  97
  98     // feature qualifiers
  99     Qualifier q = ef.getQualifiers().get(0);
 100     assertEquals("note", q.getName());
 101     assertEquals(2, q.getValues().length);
 102     assertEquals("L-lactate dehydrogenase A-chain", q.getValues()[0]);
 103     assertEquals("pickle", q.getValues()[1]);
 104     assertNull(q.getEvidence());
 105     q = ef.getQualifiers().get(1);
 106     assertEquals("translation", q.getName());
 107     assertEquals(1, q.getValues().length);
 108     assertEquals("MSLKDHLIHN", q.getValues()[0]);
 109     assertEquals(1, q.getEvidence().length);
 110     assertEquals("Keith", q.getEvidence()[0]);
 111
 112     /*
 113      * Sequence
 114      */
 115     EmblSequence seq = entry.getSequence();
 116     assertEquals("GTGACG", seq.getSequence());
 117
 118     /*
 119      * getSequence() converts empty DBRefEntry.version to "0"
 120      */
 121     assertEquals("0", entry.getDbRefs().get(1).getVersion());
 122     assertEquals("0", entry.getFeatures().get(0).getDbRefs().get(1)
 123             .getVersion());
 124   }
 125 }