JAL-4366 test reconstruction of peptide alignment given 3di alignment and peptide...
[jalview.git] / test / jalview / ext / android / SparseDoubleArrayTest.java
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20  */
21 package jalview.ext.android;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24
25 import org.testng.annotations.Test;
26
27 public class SparseDoubleArrayTest
28 {
29
30   @Test
31   public void testConstructor()
32   {
33     double[] d = new double[] { 0d, 0d, 1.2d, 0d, 0d, 3.4d };
34     SparseDoubleArray s = new SparseDoubleArray(d);
35     for (int i = 0; i < d.length; i++)
36     {
37       assertEquals(s.get(i), d[i], "At [" + i + "]");
38     }
39   }
40
41   @Test
42   public void testAdd()
43   {
44     double[] d = new double[] { 0d, 0d, 1.2d, 0d, 0d, 3.4d };
45     SparseDoubleArray s = new SparseDoubleArray(d);
46     // add to zero (absent)
47     s.add(0, 3.2d);
48     assertEquals(s.get(0), 3.2d);
49     // add to non-zero
50     s.add(0, 2.5d);
51     assertEquals(s.get(0), 5.7d);
52     // add negative value
53     s.add(2, -5.3d);
54     assertEquals(s.get(2), -4.1d);
55     // add to unset value
56     s.add(12, 9.8d);
57     assertEquals(s.get(12), 9.8d);
58   }
59
60   @Test
61   public void testDivide()
62   {
63     double delta = 1.0e-10;
64     double[] d = new double[] { 0d, 2.4d, 1.2d, 0d, -4.8d, -3.6d };
65     SparseDoubleArray s = new SparseDoubleArray(d);
66     assertEquals(s.divide(0, 1d), 0d); // no such entry
67     assertEquals(s.divide(2, 0d), 0d); // zero divisor
68     assertEquals(s.divide(1, 2d), 1.2d, delta); // + / +
69     assertEquals(s.divide(2, -2d), -0.6d, delta); // + / -
70     assertEquals(s.divide(4, 3d), -1.6d, delta); // - / +
71     assertEquals(s.divide(5, -3d), 1.2d, delta); // - / -
72   }
73 }