test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import jalview.gui.JvOptionPane;
   7
   8 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
   9 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
  16 {
  17   final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  18
  19   final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  20
  21   final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  22
  23   final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
  24
  25   final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  26
  27   final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  28
  29   final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  30
  31   Phylogeny tree;
  32
  33   TreePanel treePanel;
  34
  35   MainFrame aptx;
  36
  37
  38   @Override
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpTree()
  41   {
  42     ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  43     ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  44     ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  45
  46     rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  47     rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  48
  49     leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  50     leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  51     leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  52
  53     ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  54     ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  55
  56     inputTree.setRoot(rootNode);
  57     inputTree.setRooted(true);
  58
  59   }
  60
  61   @Override
  62   @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
  63   public void createTreeView()
  64   {
  65
  66     treeView = ArchaeopteryxInit.createInstance(inputTree);
  67     aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
  68     treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  69     tree = treePanel.getPhylogeny();
  70   }
  71
  72
  73   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  74   public void setUpJvOptionPane()
  75   {
  76     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  77     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  78   }
  79
  80   @Test(groups = "Functional")
  81   public void testMainPanelExists()
  82   {
  83     assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
  84   }
  85
  86   @Test(groups = "Functional")
  87   public void testTreePanelExists()
  88   {
  89     assertTrue(aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel() != null);
  90   }
  91
  92   @Override
  93   @Test(
  94     groups = "Functional",
  95     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
  96   public void testInvalidBranchName()
  97   {
  98     tree.getNode("I shouldn't exist");
  99
 100   }
 101
 102   @Override
 103   @Test(groups = "Functional")
 104   public void testExistingBranchName()
 105   {
 106     tree.getNode("leaf 2");
 107
 108   }
 109
 110   @Override
 111   @Test(groups = "Functional")
 112   public void testTreeLoaded()
 113   {
 114     assertTrue(aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel()
 115             .getPhylogeny() != null);
 116   }
 117
 118   @Override
 119   @Test(groups = "Functional")
 120   public void testChildNodesCount()
 121   {
 122     assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 123
 124   }
 125
 126   @Override
 127   @Test(groups = "Functional")
 128   public void testChildToParentBranchLength()
 129   {
 130     assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 131
 132   }
 133
 134   @Override
 135   @Test(groups = "Functional")
 136   public void testNodeToRootBranchLength()
 137   {
 138     assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 139
 140   }
 141
 142   @Override
 143   @Test(groups = "Functional")
 144   public void testDistantNodeToRootBranchLength()
 145   {
 146     assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 147             4.0 + 36.0);
 148
 149   }
 150
 151
 152
 153
 154
 155
 156 }