test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
   7 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
   8 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   9 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  10 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
  14 {
  15   final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  16
  17   final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  18
  19   final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  20
  21   final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
  22
  23   final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  24
  25   final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  26
  27   final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  28
  29   Phylogeny tree;
  30
  31   TreePanel treePanel;
  32
  33   MainFrame aptx;
  34
  35
  36   @Override
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUpTree()
  39   {
  40     ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  41     ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  42     ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  43
  44     rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  45     rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  46
  47     leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  48     leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  49     leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  50
  51     ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  52     ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  53
  54     inputTree.setRoot(rootNode);
  55     inputTree.setRooted(true);
  56
  57   }
  58
  59   @Override
  60   @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
  61   public void createTreeView()
  62   {
  63     treeView = ArchaeopteryxInit.createInstance(inputTree);
  64     aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
  65     treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  66     tree = treePanel.getPhylogeny();
  67   }
  68
  69
  70
  71   @Test(groups = "Functional")
  72   public void testMainPanelExists()
  73   {
  74     assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
  75   }
  76
  77   @Test(groups = "Functional")
  78   public void testTreePanelExists()
  79   {
  80     assertTrue(treePanel != null);
  81   }
  82
  83   @Test(
  84     groups = "Functional",
  85     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
  86   public void testInvalidBranchName()
  87   {
  88     tree.getNode("I shouldn't exist");
  89
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public void testExistingBranchName()
  94   {
  95     tree.getNode("leaf 2");
  96
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void testTreeLoaded()
 101   {
 102     assertTrue(tree != null);
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public void testChildNodesCount()
 107   {
 108     assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 109
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public void testChildToParentBranchLength()
 114   {
 115     assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 116
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public void testNodeToRootBranchLength()
 121   {
 122     assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 123
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void testDistantNodeToRootBranchLength()
 128   {
 129     assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 130             4.0 + 36.0);
 131
 132   }
 133
 134
 135
 136
 137
 138
 139 }