test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7
   8 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
   9 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  10 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  11 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
  17 {
  18   final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  19
  20   final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  21
  22   final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  23
  24   final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
  25
  26   final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  27
  28   final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  29
  30   final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  31
  32   Phylogeny tree;
  33
  34   TreePanel treePanel;
  35
  36   MainFrame aptx;
  37
  38
  39   @Override
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpTree()
  42   {
  43     ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  44     ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  45     ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  46
  47     rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  48     rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  49
  50     leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  51     leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  52     leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  53
  54     ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  55     ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  56
  57     inputTree.setName("test");
  58     inputTree.setRoot(rootNode);
  59     inputTree.setRooted(true);
  60
  61   }
  62
  63   @Override
  64   @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
  65   public void createTreeView()
  66   {
  67     treeView = Archaeopteryx.createApplication(inputTree);
  68     aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
  69     treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  70     tree = treePanel.getPhylogeny();
  71
  72     Desktop.addInternalFrame(aptx, "Archaeopteryx", 500, 500);
  73
  74   }
  75
  76
  77
  78   @Test(groups = "Functional")
  79   public void testMainPanelExists()
  80   {
  81     assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
  82   }
  83
  84   @Test(groups = "Functional")
  85   public void testTreePanelExists()
  86   {
  87     assertTrue(treePanel != null);
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public void testTreeTitle()
  92   {
  93     assertTrue(tree.getName().equals("test"));
  94
  95   }
  96
  97   @Test(
  98     groups = "Functional",
  99     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 100   public void testInvalidBranchName()
 101   {
 102     tree.getNode("I shouldn't exist");
 103
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void testExistingBranchName()
 108   {
 109     tree.getNode("leaf 2");
 110
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public void testTreeLoaded()
 115   {
 116     assertTrue(tree != null);
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public void testChildNodesCount()
 121   {
 122     assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 123
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void testChildToParentBranchLength()
 128   {
 129     assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 130
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public void testNodeToRootBranchLength()
 135   {
 136     assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 137
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void testDistantNodeToRootBranchLength()
 142   {
 143     assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 144             4.0 + 36.0);
 145
 146   }
 147
 148
 149
 150
 151
 152
 153
 154 }