test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import jalview.bin.Jalview;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8 import jalview.gui.JvOptionPane;
   9
  10 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  11 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  12 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  13 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  14 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class AptxPhylogenyTreeTest
  18 {
  19   final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  20
  21   final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  22
  23   final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  24
  25   final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("ancestor 2");
  26
  27   final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  28
  29   final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  30
  31   final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  32
  33   TreePanel treePanel;
  34
  35   Phylogeny tree;
  36
  37   MainFrame aptx;
  38
  39   Jalview jalview;
  40
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public void setUpTree()
  43   {
  44     ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  45     ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  46     ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  47
  48     rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  49     rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  50
  51     leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  52     leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  53     leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  54
  55     ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  56     ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  57
  58     inputTree.setRoot(rootNode);
  59     inputTree.setRooted(true);
  60
  61   }
  62
  63   @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpTree" })
  64   public void setUpJalview()
  65   {
  66     String[] args = new String[0];
  67     Jalview.main(args);
  68     aptx = ArchaeopteryxInit.createInstance(inputTree);
  69
  70     treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  71     tree = treePanel.getPhylogeny();
  72   }
  73
  74
  75   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  76   public void setUpJvOptionPane()
  77   {
  78     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  79     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  80   }
  81
  82   @Test(groups = "Functional")
  83   public void testAptxExists()
  84   {
  85     assertTrue(aptx != null);
  86   }
  87
  88
  89   @Test(groups = "Functional")
  90   public void testAptxBoundToJalview()
  91   {
  92     assertTrue(aptx.getTopLevelAncestor() instanceof Desktop);
  93   }
  94
  95   @Test(groups = "Functional")
  96   public void testShowingAptx()
  97   {
  98     assertTrue(aptx.isShowing());
  99
 100   }
 101
 102   @Test(groups = "Functional")
 103   public void testMainPanelExists()
 104   {
 105     assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
 106   }
 107
 108   @Test(groups = "Functional")
 109   public void testTreePanelExists()
 110   {
 111     assertTrue(aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel() != null);
 112   }
 113
 114   @Test(groups = "Functional")
 115   public void testTreeLoaded()
 116   {
 117     assertTrue(aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel() != null);
 118   }
 119
 120   @Test(groups = "Functional")
 121   public void testChildNodesCount()
 122   {
 123     assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 124
 125   }
 126
 127   @Test(groups = "Functional")
 128   public void testCorrectLeafToParentBranchLength()
 129   {
 130     assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 131
 132   }
 133
 134   @Test(groups = "Functional")
 135   public void testCorrectAncestorLeafToRootBranchLength()
 136   {
 137     assertEquals(tree.getNode("ancestor 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 138
 139   }
 140
 141   @Test(groups = "Functional")
 142   public void testCorrectLeafToRootBranchLength()
 143   {
 144     assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 145             4.0 + 36.0);
 146
 147   }
 148
 149
 150
 151
 152
 153 }