test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import jalview.gui.JvOptionPane;
   7
   8 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
   9 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
  16 {
  17   final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  18
  19   final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  20
  21   final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  22
  23   final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
  24
  25   final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  26
  27   final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  28
  29   final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  30
  31   Phylogeny tree;
  32
  33   TreePanel treePanel;
  34
  35   MainFrame aptx;
  36
  37
  38   @Override
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpTree()
  41   {
  42     ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  43     ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  44     ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  45
  46     rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  47     rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  48
  49     leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  50     leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  51     leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  52
  53     ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  54     ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  55
  56     inputTree.setRoot(rootNode);
  57     inputTree.setRooted(true);
  58
  59   }
  60
  61   @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
  62   public void createTreeView()
  63   {
  64
  65     treeView = ArchaeopteryxInit.createInstance(inputTree);
  66     aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
  67     treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  68     tree = treePanel.getPhylogeny();
  69   }
  70
  71
  72   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  73   public void setUpJvOptionPane()
  74   {
  75     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  76     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  77   }
  78
  79   @Test(groups = "Functional")
  80   public void testMainPanelExists()
  81   {
  82     assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
  83   }
  84
  85   @Test(groups = "Functional")
  86   public void testTreePanelExists()
  87   {
  88     assertTrue(aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel() != null);
  89   }
  90
  91   @Override
  92   @Test(groups = "Functional")
  93   public void testTreeLoaded()
  94   {
  95     assertTrue(aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel()
  96             .getPhylogeny() != null);
  97   }
  98
  99   @Override
 100   @Test(groups = "Functional")
 101   public void testChildNodesCount()
 102   {
 103     assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 104
 105   }
 106
 107   @Override
 108   @Test(groups = "Functional")
 109   public void testChildToParentBranchLength()
 110   {
 111     assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 112
 113   }
 114
 115   @Override
 116   @Test(groups = "Functional")
 117   public void testNodeToRootBranchLength()
 118   {
 119     assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 120
 121   }
 122
 123   @Override
 124   @Test(groups = "Functional")
 125   public void testDistantNodeToRootBranchLength()
 126   {
 127     assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 128             4.0 + 36.0);
 129
 130   }
 131
 132
 133
 134
 135
 136 }