test/jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxyAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.List;
  28
  29 /**
  30  * A convenience class to simplify writing unit tests (pending Mockito or
  31  * similar?)
  32  */
  33 public class EnsemblSeqProxyAdapter extends EnsemblSeqProxy
  34 {
  35   /**
  36    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
  37    */
  38   public EnsemblSeqProxyAdapter()
  39   {
  40     super();
  41   }
  42
  43   /**
  44    * Constructor given the target domain to fetch data from
  45    *
  46    * @param d
  47    */
  48   public EnsemblSeqProxyAdapter(String d)
  49   {
  50     super(d);
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public String getDbName()
  55   {
  56     return null;
  57   }
  58
  59   @Override
  60   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  61   {
  62     return null;
  63   }
  64
  65   @Override
  66   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  67   {
  68     return null;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   protected List<SequenceFeature> getIdentifyingFeatures(SequenceI seq,
  73           String accId)
  74   {
  75     return new ArrayList<>();
  76   }
  77
  78 }