test/jalview/ext/ensembl/EnsemblSpeciesTest.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.bin.Cache;
   6 import jalview.ext.ensembl.EnsemblSpecies.EnsemblTaxon;
   7
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.apache.log4j.Logger;
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 import junit.extensions.PA;
  15
  16 public class EnsemblSpeciesTest
  17 {
  18   @Test(groups = "Network")
  19   public void testGetSpecies_ensembl()
  20   {
  21     Cache.log = Logger.getRootLogger();
  22     EnsemblSpecies species = EnsemblSpecies.getSpecies(true);
  23     System.out.println("Ensembllookup map size = "
  24             + ((Map) PA.getValue(species, "lookup")).size());
  25
  26     List<EnsemblTaxon> matches = species.getNameMatches("homo sapiens");
  27     assertEquals(matches.size(), 1);
  28     EnsemblTaxon match = matches.get(0);
  29     assertEquals(match.ncbiId, "9606");
  30
  31     matches = species.getNameMatches("mus ");
  32     assertEquals(matches.size(), 6);
  33     match = matches.get(0);
  34     assertEquals(match.ncbiId, "10089");
  35     assertEquals(match.name, "mus_caroli");
  36     match = matches.get(1);
  37     assertEquals(match.ncbiId, "10090");
  38     assertEquals(match.commonName, "house mouse");
  39     match = matches.get(2);
  40     assertEquals(match.ncbiId, "10091");
  41     assertEquals(match.displayName, "Mouse CAST/EiJ");
  42     assertEquals(match.commonName, "south eastern house mouse");
  43   }
  44
  45   @Test(groups = "Network")
  46   public void testGetSpecies_ensemblGenomes()
  47   {
  48     Cache.log = Logger.getRootLogger();
  49     EnsemblSpecies species = EnsemblSpecies.getSpecies(false);
  50     System.out.println("EnsemblGenomes lookup map size = "
  51             + ((Map) PA.getValue(species, "lookup")).size());
  52
  53     List<EnsemblTaxon> matches = species.getNameMatches("streptomyces al");
  54     assertEquals(matches.size(), 12);
  55     assertEquals(matches.get(0).ncbiId, "132473");
  56     assertEquals(matches.get(0).name, "streptomyces_alboniger");
  57     assertEquals(matches.get(1).ncbiId, "68570");
  58     assertEquals(matches.get(1).displayName, "Streptomyces albulus");
  59     assertEquals(matches.get(2).ncbiId, "68570");
  60     assertEquals(matches.get(2).name, "streptomyces_albulus_gca_001646665");
  61   }
  62 }