JAL-3783 Reverting to using groovy-all-2.4.12-indy.jar to fix serious problem with...
[jalview.git] / test / jalview / ext / ensembl / EnsemblXrefTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ext.ensembl;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
25
26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
27 import jalview.gui.JvOptionPane;
28 import jalview.util.JSONUtils;
29
30 import java.io.IOException;
31 import java.net.URL;
32 import java.util.List;
33
34 import org.json.simple.parser.ParseException;
35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
36 import org.testng.annotations.Test;
37
38 public class EnsemblXrefTest
39 {
40
41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
42   public void setUpJvOptionPane()
43   {
44     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
45     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
46   }
47
48   //@formatter:off
49   private static final String JSON = 
50           "[{\"primary_id\":\"CCDS5863\",\"dbname\":\"CCDS\"}," +
51            "{\"primary_id\":\"P15056\",\"dbname\":\"Uniprot/SWISSPROT\",\"synonyms\":[\"C21\"]}," +
52            "{\"primary_id\":\"GO:0000165\",\"dbname\":\"GO\"}]";
53   //@formatter:on
54
55   @Test(groups = "Functional")
56   public void testGetCrossReferences()
57   {
58     String dbName = "ENSEMBL";
59     String dbVers = "0.6.2b1";
60     System.out.println(JSON);
61     EnsemblXref testee = new EnsemblXref("http://rest.ensembl.org", dbName,
62             dbVers)
63     {
64       @SuppressWarnings("unchecked")
65           @Override
66           protected Object getJSON(URL url, List<String> ids, int msDelay, int mode, String mapKey) throws IOException, ParseException 
67           {
68           return ((List<Object>)JSONUtils.parse(JSON)).iterator();
69           }
70
71     };
72
73     // synonyms and GO terms are not returned
74     List<DBRefEntry> dbrefs = testee.getCrossReferences("ABCDE");
75     assertEquals(2, dbrefs.size());
76     assertEquals("CCDS", dbrefs.get(0).getSource());
77     assertEquals("CCDS5863", dbrefs.get(0).getAccessionId());
78     assertFalse(dbrefs.get(0).isPrimaryCandidate());
79     assertEquals(dbName + ":" + dbVers, dbrefs.get(0).getVersion());
80     // Uniprot name should get converted to Jalview canonical form
81     assertEquals("UNIPROT", dbrefs.get(1).getSource());
82     assertEquals("P15056", dbrefs.get(1).getAccessionId());
83     assertEquals(dbName + ":" + dbVers, dbrefs.get(1).getVersion());
84     assertFalse(dbrefs.get(1).isPrimaryCandidate());
85   }
86 }