test/jalview/ext/ensembl/EnsemblXrefTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.util.JSONUtils;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.net.URL;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.json.simple.parser.ParseException;
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class EnsemblXrefTest
  39 {
  40
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public void setUpJvOptionPane()
  43   {
  44     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  45     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  46   }
  47
  48   //@formatter:off
  49   private static final String JSON =
  50           "[{\"primary_id\":\"CCDS5863\",\"dbname\":\"CCDS\"}," +
  51            "{\"primary_id\":\"P15056\",\"dbname\":\"Uniprot/SWISSPROT\",\"synonyms\":[\"C21\"]}," +
  52            "{\"primary_id\":\"GO:0000165\",\"dbname\":\"GO\"}]";
  53   //@formatter:on
  54
  55   @Test(groups = "Functional")
  56   public void testGetCrossReferences()
  57   {
  58     String dbName = "ENSEMBL";
  59     String dbVers = "0.6.2b1";
  60     System.out.println(JSON);
  61     EnsemblXref testee = new EnsemblXref("http://rest.ensembl.org", dbName,
  62             dbVers)
  63     {
  64       @SuppressWarnings("unchecked")
  65           @Override
  66           protected Object getJSON(URL url, List<String> ids, int msDelay, int mode, String mapKey) throws IOException, ParseException
  67           {
  68           return ((List<Object>)JSONUtils.parse(JSON)).iterator();
  69           }
  70
  71     };
  72
  73     // synonyms and GO terms are not returned
  74     List<DBRefEntry> dbrefs = testee.getCrossReferences("ABCDE");
  75     assertEquals(2, dbrefs.size());
  76     assertEquals("CCDS", dbrefs.get(0).getSource());
  77     assertEquals("CCDS5863", dbrefs.get(0).getAccessionId());
  78     assertFalse(dbrefs.get(0).isPrimaryCandidate());
  79     assertEquals(dbName + ":" + dbVers, dbrefs.get(0).getVersion());
  80     // Uniprot name should get converted to Jalview canonical form
  81     assertEquals("UNIPROT", dbrefs.get(1).getSource());
  82     assertEquals("P15056", dbrefs.get(1).getAccessionId());
  83     assertEquals(dbName + ":" + dbVers, dbrefs.get(1).getVersion());
  84     assertFalse(dbrefs.get(1).isPrimaryCandidate());
  85   }
  86 }