JAL-2490 test coverage for printGffFormat before refactoring
[jalview.git] / test / jalview / ext / htsjdk / TestHtsContigDb.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ext.htsjdk;
22
23 import jalview.datamodel.SequenceI;
24 import jalview.gui.JvOptionPane;
25
26 import java.io.File;
27
28 import org.testng.Assert;
29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
30 import org.testng.annotations.Test;
31
32 /**
33  * @author jprocter
34  *
35  */
36 public class TestHtsContigDb
37 {
38
39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
40   public void setUpJvOptionPane()
41   {
42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
44   }
45
46   @Test(groups = "Functional")
47   public final void testHTSReferenceSequence() throws Exception
48   {
49     HtsContigDb remmadb = new HtsContigDb("REEMADB", new File(
50             "test/jalview/ext/htsjdk/pgmb.fasta"));
51
52     Assert.assertTrue(remmadb.isValid());
53
54     SequenceI sq = remmadb.getSequenceProxy("Deminut");
55     Assert.assertNotNull(sq);
56     Assert.assertNotEquals(0, sq.getLength());
57   }
58
59 }