test/jalview/ext/htsjdk/VCFFileReaderTest.java

   1 package jalview.ext.htsjdk;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6 import htsjdk.samtools.util.CloseableIterator;
   7 import htsjdk.variant.variantcontext.Allele;
   8 import htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext;
   9 import htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader;
  10
  11 import java.io.File;
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.io.PrintWriter;
  14 import java.util.List;
  15
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 public class VCFFileReaderTest
  19 {
  20   private static final String[] VCF = new String[] {
  21       "##fileformat=VCFv4.2",
  22       "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO",
  23       "20\t3\t.\tC\tG\t.\tPASS\tDP=100", // SNP C/G
  24       "20\t7\t.\tG\tGA\t.\tPASS\tDP=100", // insertion G/GA
  25       "18\t2\t.\tACG\tA\t.\tPASS\tDP=100" }; // deletion ACG/A
  26
  27   /**
  28    * A test to exercise some basic functionality of the htsjdk VCF reader
  29    *
  30    * @throws IOException
  31    */
  32   @Test(groups = "Functional")
  33   public void testReadVcf() throws IOException
  34   {
  35     File f = writeVcfFile();
  36     VCFFileReader reader = new VCFFileReader(f, false);
  37     CloseableIterator<VariantContext> variants = reader.iterator();
  38
  39     /*
  40      * SNP C/G variant
  41      */
  42     VariantContext vc = variants.next();
  43     assertTrue(vc.isSNP());
  44     Allele ref = vc.getReference();
  45     assertEquals(ref.getBaseString(), "C");
  46     List<Allele> alleles = vc.getAlleles();
  47     assertEquals(alleles.size(), 2);
  48     assertTrue(alleles.get(0).isReference());
  49     assertEquals(alleles.get(0).getBaseString(), "C");
  50     assertFalse(alleles.get(1).isReference());
  51     assertEquals(alleles.get(1).getBaseString(), "G");
  52
  53     /*
  54      * Insertion G -> GA
  55      */
  56     vc = variants.next();
  57     assertFalse(vc.isSNP());
  58     assertTrue(vc.isSimpleInsertion());
  59     ref = vc.getReference();
  60     assertEquals(ref.getBaseString(), "G");
  61     alleles = vc.getAlleles();
  62     assertEquals(alleles.size(), 2);
  63     assertTrue(alleles.get(0).isReference());
  64     assertEquals(alleles.get(0).getBaseString(), "G");
  65     assertFalse(alleles.get(1).isReference());
  66     assertEquals(alleles.get(1).getBaseString(), "GA");
  67
  68     /*
  69      * Deletion ACG -> A
  70      */
  71     vc = variants.next();
  72     assertFalse(vc.isSNP());
  73     assertTrue(vc.isSimpleDeletion());
  74     ref = vc.getReference();
  75     assertEquals(ref.getBaseString(), "ACG");
  76     alleles = vc.getAlleles();
  77     assertEquals(alleles.size(), 2);
  78     assertTrue(alleles.get(0).isReference());
  79     assertEquals(alleles.get(0).getBaseString(), "ACG");
  80     assertFalse(alleles.get(1).isReference());
  81     assertEquals(alleles.get(1).getBaseString(), "A");
  82
  83     assertFalse(variants.hasNext());
  84
  85     variants.close();
  86     reader.close();
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Creates a temporary file to be read by the htsjdk VCF reader
  91    *
  92    * @return
  93    * @throws IOException
  94    */
  95   protected File writeVcfFile() throws IOException
  96   {
  97     File f = File.createTempFile("Test", "vcf");
  98     f.deleteOnExit();
  99     PrintWriter pw = new PrintWriter(f);
 100     for (String vcfLine : VCF) {
 101       pw.println(vcfLine);
 102     }
 103     pw.close();
 104     return f;
 105   }
 106 }