test/jalview/ext/jmol/JmolParserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.FileLoader;
  34 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  35
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import org.jmol.c.STR;
  39 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  40 import org.testng.annotations.Test;
  41
  42 import MCview.PDBfile;
  43
  44 /**
  45  * @author jimp
  46  *
  47  */
  48 public class JmolParserTest
  49 {
  50   /*
  51    * 1GAQ has been reduced to alpha carbons only
  52    * 1QCF is the full PDB file including headers, HETATM etc
  53    */
  54   String[] testFile = new String[] { "./examples/1GAQ.txt",
  55       "./test/jalview/ext/jmol/1xyz.pdb",
  56       "./test/jalview/ext/jmol/1qcf.pdb" };
  57
  58   //@formatter:off
  59   // a modified and very cut-down extract of 4UJ4
  60   String pastePDBDataWithChainBreak =
  61      "HEADER    TRANSPORT PROTEIN                       08-APR-15   4UJ4\n" +
  62      // chain B has missing residues; these should all go in the same sequence:
  63      "ATOM   1909  CA  VAL B 358      21.329 -19.739 -67.740  1.00201.05           C\n" +
  64      "ATOM   1916  CA  GLY B 359      21.694 -23.563 -67.661  1.00198.09           C\n" +
  65      "ATOM   1920  CA  LYS B 367      32.471 -12.135 -77.100  1.00257.97           C\n" +
  66      "ATOM   1925  CA  ALA B 368      31.032  -9.324 -74.946  1.00276.01           C\n" +
  67      // switch to chain C; should be a separate sequence
  68      "ATOM   1930  CA  SER C 369      32.589  -7.517 -71.978  1.00265.44           C\n" +
  69      "ATOM   1936  CA  ALA C 370      31.650  -6.849 -68.346  1.00249.48           C\n";
  70   //@formatter:on
  71
  72   //@formatter:off
  73   // a very cut-down extract of 1ejg
  74   String pdbWithAltLoc =
  75      "HEADER    TRANSPORT PROTEIN                       08-APR-15   1EJG\n" +
  76      "ATOM    448  CA  ALA A  24       6.619  16.195   1.970  1.00  1.65           C\n" +
  77      "ATOM    458  CA ALEU A  25       3.048  14.822   1.781  0.57  1.48           C\n" +
  78      // alternative residue 25 entries (with ILE instead of LEU) should be ignored:
  79      "ATOM    478  CA BILE A  25       3.048  14.822   1.781  0.21  1.48           C\n" +
  80      // including the next altloc causes the unit test to fail but it works with the full file
  81      // not sure why!
  82      //     "ATOM    479  CA CILE A  25       3.048  14.822   1.781  0.22  1.48           C\n" +
  83      "ATOM    512  CA  CYS A  26       4.137  11.461   3.154  1.00  1.52           C\n";
  84   //@formatter:on
  85
  86   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  87   public void setUp()
  88   {
  89     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  90             Boolean.TRUE.toString());
  91     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  92             Boolean.TRUE.toString());
  93   }
  94
  95   @Test(groups = { "Functional" })
  96   public void testAlignmentLoader() throws Exception
  97   {
  98     for (String f : testFile)
  99     {
 100       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
 101       AlignFrame af = fl
 102               .LoadFileWaitTillLoaded(f, DataSourceType.FILE);
 103       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
 104     }
 105   }
 106
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void testFileParser() throws Exception
 109   {
 110     StructureImportSettings.setProcessHETATMs(false);
 111     for (String pdbStr : testFile)
 112     {
 113       PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbStr,
 114               DataSourceType.FILE);
 115       JmolParser jtest = new JmolParser(false, false, false, pdbStr,
 116               jalview.io.DataSourceType.FILE);
 117       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs(), mcseqs = mctest.getSeqs();
 118
 119       assertTrue(
 120               "No sequences extracted from testfile\n"
 121                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
 122                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
 123                       && seqs.size() > 0);
 124       for (SequenceI sq : seqs)
 125       {
 126         assertEquals("JMol didn't process " + pdbStr
 127                 + " to the same sequence as MCView",
 128                 sq.getSequenceAsString(), mcseqs.remove(0)
 129                         .getSequenceAsString());
 130         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { sq });
 131         validateSecStrRows(al);
 132       }
 133     }
 134     StructureImportSettings.setProcessHETATMs(true);
 135     for (String pdbStr : testFile)
 136     {
 137       PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbStr,
 138               DataSourceType.FILE);
 139       JmolParser jtest = new JmolParser(false, false, false, pdbStr,
 140               jalview.io.DataSourceType.FILE);
 141       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs(), mcseqs = mctest.getSeqs();
 142
 143       assertTrue(
 144               "No sequences extracted from testfile\n"
 145                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
 146                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
 147                       && seqs.size() > 0);
 148       for (SequenceI sq : seqs)
 149       {
 150         assertEquals("JMol didn't process " + pdbStr
 151                 + " to the same sequence as MCView",
 152                 sq.getSequenceAsString(), mcseqs.remove(0)
 153                         .getSequenceAsString());
 154         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { sq });
 155         validateSecStrRows(al);
 156       }
 157     }
 158   }
 159
 160   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
 161   {
 162     if (!al.isNucleotide())
 163     {
 164       for (SequenceI asq : al.getSequences())
 165       {
 166         SequenceI sq = asq;
 167         boolean hasDs = false;
 168         while (sq.getDatasetSequence() != null
 169                 && sq.getAnnotation() == null)
 170         {
 171           sq = sq.getDatasetSequence();
 172           hasDs = true;
 173         }
 174         checkFirstAAIsAssoc(sq);
 175         if (hasDs)
 176         {
 177           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 178           // that is correctly mapped
 179           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 180         }
 181       }
 182     }
 183   }
 184
 185   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 186   {
 187     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 188             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 189                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 190     assertTrue(
 191             "Secondary structure not associated for sequence "
 192                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 193   }
 194
 195   /**
 196    * Test parsing a chain with missing residues
 197    *
 198    * @throws Exception
 199    */
 200   @Test(groups = { "Functional" })
 201   public void testParse_missingResidues() throws Exception
 202   {
 203     PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false,
 204             pastePDBDataWithChainBreak,
 205             DataSourceType.PASTE);
 206     boolean annotFromStructure = false;
 207     boolean localSecondaryStruct = false;
 208     boolean serviceSecondaryStruct = false;
 209     JmolParser jtest = new JmolParser(annotFromStructure,
 210             localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct,
 211             pastePDBDataWithChainBreak,
 212             jalview.io.DataSourceType.PASTE);
 213     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
 214     Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
 215
 216     assertEquals("Failed to find 2 sequences\n", 2, seqs.size());
 217     assertEquals("Failed to find 2 sequences\n", 2, mcseqs.size());
 218     assertEquals("VGKA", seqs.get(0).getSequenceAsString());
 219     assertEquals("VGKA", mcseqs.get(0).getSequenceAsString());
 220     assertEquals("SA", seqs.get(1).getSequenceAsString());
 221     assertEquals("SA", mcseqs.get(1).getSequenceAsString());
 222   }
 223
 224   /**
 225    * Test parsing a chain with 'altloc' residues
 226    *
 227    * @throws Exception
 228    */
 229   @Test(groups = { "Functional" })
 230   public void testParse_alternativeResidues() throws Exception
 231   {
 232     PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbWithAltLoc,
 233             DataSourceType.PASTE);
 234     boolean annotFromStructure = false;
 235     boolean localSecondaryStruct = false;
 236     boolean serviceSecondaryStruct = false;
 237     JmolParser jtest = new JmolParser(annotFromStructure,
 238             localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, pdbWithAltLoc,
 239             jalview.io.DataSourceType.PASTE);
 240     Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
 241     Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
 242
 243     assertEquals("Failed to find 1 sequence\n", 1, seqs.size());
 244     assertEquals("Failed to find 1 sequence\n", 1, mcseqs.size());
 245     assertEquals("ALC", seqs.get(0).getSequenceAsString());
 246     assertEquals("ALC", mcseqs.get(0).getSequenceAsString());
 247   }
 248
 249   @Test(groups = "Functional")
 250   public void testSetSecondaryStructure()
 251   {
 252     JmolParser testee = new JmolParser();
 253     char[] struct = new char[10];
 254     char[] structCode = new char[10];
 255     struct[0] = '1';
 256     structCode[0] = '1';
 257
 258     testee.setSecondaryStructure(STR.NONE, 0, struct, structCode);
 259     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIX, 1, struct, structCode);
 260     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIX310, 2, struct, structCode);
 261     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIXALPHA, 3, struct, structCode);
 262     testee.setSecondaryStructure(STR.HELIXPI, 4, struct, structCode);
 263     testee.setSecondaryStructure(STR.SHEET, 5, struct, structCode);
 264
 265     assertEquals(0, struct[0]);
 266     assertEquals('H', struct[1]);
 267     assertEquals('3', struct[2]);
 268     assertEquals('H', struct[3]);
 269     assertEquals('P', struct[4]);
 270     assertEquals('E', struct[5]);
 271
 272     assertEquals(0, structCode[0]);
 273     assertEquals('H', structCode[1]);
 274     assertEquals('H', structCode[2]);
 275     assertEquals('H', structCode[3]);
 276     assertEquals('H', structCode[4]);
 277     assertEquals('E', structCode[5]);
 278   }
 279 }