test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

   1 package jalview.ext.paradise;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.ext.paradise.Annotate3D;
   8 import jalview.io.FastaFile;
   9 import jalview.io.FormatAdapter;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13
  14 import org.junit.Assert;
  15 import org.junit.Test;
  16
  17 import MCview.PDBfile;
  18
  19 import compbio.util.FileUtil;
  20
  21 public class TestAnnotate3D
  22 {
  23
  24   @Test
  25   public void testIdVsContent() throws Exception
  26   {
  27     BufferedReader id = (BufferedReader) Annotate3D
  28             .getRNAMLForPDBId("2GIS");
  29     assertTrue("Didn't retrieve 2GIS by id.", id != null);
  30     BufferedReader file = (BufferedReader) Annotate3D
  31             .getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil.readFileToString(new File(
  32                     "examples/2GIS.pdb")));
  33     assertTrue("Didn't retrieve using examples/2GIS.pdb.", file != null);
  34     String iline, fline;
  35     do
  36     {
  37       iline = id.readLine();
  38       fline = file.readLine();
  39       if (iline != null)
  40         System.out.println(iline);
  41       if (fline != null)
  42         System.out.println(fline);
  43
  44       assertTrue("Results differ for ID and file upload based retrieval",
  45               ((iline == fline && iline == null) || (iline != null
  46                       && fline != null && iline.equals(fline))));
  47
  48     } while (iline != null);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * test to demonstrate JAL-1142 - compare sequences in RNAML returned from
  53    * Annotate3d vs those extracted by Jalview from the originl PDB file
  54    *
  55    * @throws Exception
  56    */
  57   @Test
  58   public void testPDBfileVsRNAML() throws Exception
  59   {
  60     PDBfile pdbf = new PDBfile("examples/2GIS.pdb", FormatAdapter.FILE);
  61     Assert.assertTrue(pdbf.isValid());
  62     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  63     // Comment - should add new FileParse constructor like new FileParse(Reader
  64     // ..). for direct reading
  65     BufferedReader br = new BufferedReader(
  66             Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil
  67                     .readFileToString(new File("examples/2GIS.pdb"))));
  68     String line;
  69     while ((line = br.readLine()) != null)
  70     {
  71       sb.append(line + "\n");
  72     }
  73     assertTrue("No data returned by Annotate3D", sb.length() > 0);
  74     AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(sb.toString(),
  75             FormatAdapter.PASTE, "RNAML");
  76
  77     assertTrue("No alignment returned.", al != null);
  78     assertTrue("No sequences in returned alignment.", al.getHeight() > 0);
  79     for (SequenceI sq : al.getSequences())
  80     {
  81       {
  82         SequenceI struseq = null;
  83         String sq_ = new String(sq.getSequence()).toLowerCase();
  84         for (SequenceI _struseq : pdbf.getSeqsAsArray())
  85         {
  86           if (new String(_struseq.getSequence()).toLowerCase().equals(sq_))
  87           {
  88             struseq = _struseq;
  89             break;
  90           }
  91         }
  92         if (struseq == null)
  93         {
  94           Assert.fail("Couldn't find this sequence in original input:\n"
  95                   + new FastaFile().print(new SequenceI[]
  96                   { sq }) + "\n\nOriginal input:\n"
  97                   + new FastaFile().print(pdbf.getSeqsAsArray()) + "\n");
  98         }
  99       }
 100     }
 101   }
 102 }