test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

   1 package jalview.ext.paradise;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   4
   5 import jalview.ext.paradise.Annotate3D;
   6
   7 import java.io.BufferedReader;
   8 import java.io.File;
   9
  10 import org.junit.Test;
  11
  12 import compbio.util.FileUtil;
  13
  14 public class TestAnnotate3D
  15 {
  16
  17   @Test
  18   public void testIdVsContent() throws Exception
  19   {
  20     BufferedReader id = (BufferedReader) Annotate3D.getRNAMLForPDBId("2GIS");
  21     assertTrue("Didn't retrieve 2GIS by id.", id != null);
  22     BufferedReader file = (BufferedReader) Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil
  23             .readFileToString(new File("examples/2GIS.pdb")));
  24     assertTrue("Didn't retrieve using examples/2GIS.pdb.", file != null);
  25     String iline, fline;
  26     do
  27     {
  28       iline = id.readLine();
  29       fline = file.readLine();
  30       if (iline != null)
  31         System.out.println(iline);
  32       if (fline != null)
  33         System.out.println(fline);
  34
  35       assertTrue("Results differ for ID and file upload based retrieval",
  36               ((iline == fline && iline == null) || (iline != null
  37                       && fline != null && iline.equals(fline))));
  38
  39     } while (iline != null);
  40   }
  41
  42 }