test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

   1 package jalview.ext.paradise;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.ext.paradise.Annotate3D;
   8 import jalview.io.FastaFile;
   9 import jalview.io.FormatAdapter;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.Reader;
  14 import java.util.Iterator;
  15
  16 import org.junit.Assert;
  17 import org.junit.Test;
  18
  19 import MCview.PDBfile;
  20
  21 import compbio.util.FileUtil;
  22
  23 public class TestAnnotate3D
  24 {
  25
  26   @Test
  27   public void test1GIDbyId() throws Exception
  28   {
  29     // use same ID as standard tests given at https://bitbucket.org/fjossinet/pyrna-rest-clients
  30     Iterator<Reader> ids = Annotate3D.getRNAMLForPDBId("1GID");
  31     assertTrue("Didn't retrieve 1GID by id.", ids != null);
  32     testRNAMLcontent(ids,null);
  33   }
  34
  35   @Test
  36   public void testIdVsContent2GIS() throws Exception
  37   {
  38     Iterator<Reader> ids = Annotate3D.getRNAMLForPDBId("2GIS");
  39     assertTrue("Didn't retrieve 2GIS by id.", ids != null);
  40     Iterator<Reader> files = Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil
  41             .readFileToString(new File("examples/2GIS.pdb")));
  42     assertTrue("Didn't retrieve using examples/2GIS.pdb.", files != null);
  43     int i = 0;
  44     while (ids.hasNext() && files.hasNext())
  45     {
  46       BufferedReader file = new BufferedReader(files.next()), id = new BufferedReader(
  47               ids.next());
  48       String iline, fline;
  49       do
  50       {
  51         iline = id.readLine();
  52         fline = file.readLine();
  53         if (iline != null)
  54           System.out.println(iline);
  55         if (fline != null)
  56           System.out.println(fline);
  57         // next assert fails for latest RNAview - because the XMLID entries
  58         // change between file and ID based RNAML generation.
  59         assertTrue(
  60                 "Results differ for ID and file upload based retrieval (chain entry "
  61                         + (++i) + ")",
  62                 ((iline == fline && iline == null) || (iline != null
  63                         && fline != null && iline.equals(fline))));
  64
  65       } while (iline != null);
  66     }
  67   }
  68
  69   /**
  70    * test to demonstrate JAL-1142 - compare sequences in RNAML returned from
  71    * Annotate3d vs those extracted by Jalview from the originl PDB file
  72    *
  73    * @throws Exception
  74    */
  75   @Test
  76   public void testPDBfileVsRNAML() throws Exception
  77   {
  78     PDBfile pdbf = new PDBfile("examples/2GIS.pdb", FormatAdapter.FILE);
  79     Assert.assertTrue(pdbf.isValid());
  80     // Comment - should add new FileParse constructor like new FileParse(Reader
  81     // ..). for direct reading
  82     Iterator<Reader> readers = Annotate3D
  83             .getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil.readFileToString(new File(
  84                     "examples/2GIS.pdb")));
  85     testRNAMLcontent(readers, pdbf);
  86   }
  87
  88   private void testRNAMLcontent(Iterator<Reader> readers, PDBfile pdbf)
  89           throws Exception
  90   {
  91     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  92     int r = 0;
  93     while (readers.hasNext())
  94     {
  95       System.out.println("Testing RNAML input number " + (++r));
  96       BufferedReader br = new BufferedReader(readers.next());
  97       String line;
  98       while ((line = br.readLine()) != null)
  99       {
 100         sb.append(line + "\n");
 101       }
 102       assertTrue("No data returned by Annotate3D", sb.length() > 0);
 103       AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(sb.toString(),
 104               FormatAdapter.PASTE, "RNAML");
 105       if (al==null || al.getHeight()==0) {
 106         System.out.println(sb.toString());
 107       }
 108       assertTrue("No alignment returned.", al != null);
 109       assertTrue("No sequences in returned alignment.", al.getHeight() > 0);
 110       if (pdbf != null)
 111       {
 112         for (SequenceI sq : al.getSequences())
 113         {
 114           {
 115             SequenceI struseq = null;
 116             String sq_ = new String(sq.getSequence()).toLowerCase();
 117             for (SequenceI _struseq : pdbf.getSeqsAsArray())
 118             {
 119               if (new String(_struseq.getSequence()).toLowerCase().equals(
 120                       sq_))
 121               {
 122                 struseq = _struseq;
 123                 break;
 124               }
 125             }
 126             if (struseq == null)
 127             {
 128               Assert.fail("Couldn't find this sequence in original input:\n"
 129                       + new FastaFile().print(new SequenceI[]
 130                       { sq })
 131                       + "\n\nOriginal input:\n"
 132                       + new FastaFile().print(pdbf.getSeqsAsArray()) + "\n");
 133             }
 134           }
 135         }
 136       }
 137     }
 138   }
 139 }