test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

   1 package jalview.ext.paradise;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.ext.paradise.Annotate3D;
   8 import jalview.io.FastaFile;
   9 import jalview.io.FormatAdapter;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.Reader;
  14 import java.util.Iterator;
  15
  16 import org.junit.Assert;
  17 import org.junit.Test;
  18
  19 import MCview.PDBfile;
  20
  21 import compbio.util.FileUtil;
  22
  23 public class TestAnnotate3D
  24 {
  25
  26   @Test
  27   public void testIdVsContent() throws Exception
  28   {
  29     Iterator<Reader> ids = Annotate3D
  30             .getRNAMLForPDBId("2GIS");
  31     assertTrue("Didn't retrieve 2GIS by id.", ids != null);
  32     Iterator<Reader> files = Annotate3D
  33             .getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil.readFileToString(new File(
  34                     "examples/2GIS.pdb")));
  35     assertTrue("Didn't retrieve using examples/2GIS.pdb.", files != null);
  36     int i=0;
  37     while (ids.hasNext() && files.hasNext())
  38     {
  39       BufferedReader file=new BufferedReader(files.next()), id=new BufferedReader(ids.next());
  40     String iline, fline;
  41     do
  42     {
  43       iline = id.readLine();
  44       fline = file.readLine();
  45       if (iline != null)
  46         System.out.println(iline);
  47       if (fline != null)
  48         System.out.println(fline);
  49       // next assert fails for latest RNAview - because the XMLID entries change between file and ID based RNAML generation.
  50       assertTrue("Results differ for ID and file upload based retrieval (chain entry "+(++i)+")",
  51               ((iline == fline && iline == null) || (iline != null
  52                       && fline != null && iline.equals(fline))));
  53
  54     } while (iline != null);
  55     }
  56   }
  57
  58   /**
  59    * test to demonstrate JAL-1142 - compare sequences in RNAML returned from
  60    * Annotate3d vs those extracted by Jalview from the originl PDB file
  61    *
  62    * @throws Exception
  63    */
  64   @Test
  65   public void testPDBfileVsRNAML() throws Exception
  66   {
  67     PDBfile pdbf = new PDBfile("examples/2GIS.pdb", FormatAdapter.FILE);
  68     Assert.assertTrue(pdbf.isValid());
  69     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  70     // Comment - should add new FileParse constructor like new FileParse(Reader
  71     // ..). for direct reading
  72     Iterator<Reader> readers = Annotate3D
  73             .getRNAMLForPDBFileAsString(FileUtil.readFileToString(new File(
  74                     "examples/2GIS.pdb")));
  75     int r=0;
  76     while (readers.hasNext())
  77     {
  78       System.out.println("Testing RNAML input number "+(++r));
  79       BufferedReader br = new BufferedReader(readers.next());
  80       String line;
  81       while ((line = br.readLine()) != null)
  82       {
  83         sb.append(line + "\n");
  84       }
  85       assertTrue("No data returned by Annotate3D", sb.length() > 0);
  86       AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(sb.toString(),
  87               FormatAdapter.PASTE, "RNAML");
  88
  89       assertTrue("No alignment returned.", al != null);
  90       assertTrue("No sequences in returned alignment.", al.getHeight() > 0);
  91       for (SequenceI sq : al.getSequences())
  92       {
  93         {
  94           SequenceI struseq = null;
  95           String sq_ = new String(sq.getSequence()).toLowerCase();
  96           for (SequenceI _struseq : pdbf.getSeqsAsArray())
  97           {
  98             if (new String(_struseq.getSequence()).toLowerCase()
  99                     .equals(sq_))
 100             {
 101               struseq = _struseq;
 102               break;
 103             }
 104           }
 105           if (struseq == null)
 106           {
 107             Assert.fail("Couldn't find this sequence in original input:\n"
 108                     + new FastaFile().print(new SequenceI[]
 109                     { sq }) + "\n\nOriginal input:\n"
 110                     + new FastaFile().print(pdbf.getSeqsAsArray()) + "\n");
 111           }
 112         }
 113       }
 114     }
 115   }
 116 }