test/jalview/ext/rbvi/chimera/AtomSpecModelTest.java

   1 package jalview.ext.rbvi.chimera;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6
   7 public class AtomSpecModelTest
   8 {
   9   @Test(groups = "Functional")
  10   public void testGetAtomSpec()
  11   {
  12     AtomSpecModel model = new AtomSpecModel();
  13     assertEquals(model.getAtomSpec(), "");
  14     model.addRange(1, 2, 4, "A");
  15     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#1:2-4.A");
  16     model.addRange(1, 8, 8, "A");
  17     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#1:2-4.A,8.A");
  18     model.addRange(1, 5, 7, "B");
  19     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#1:2-4.A,8.A,5-7.B");
  20     model.addRange(1, 3, 5, "A");
  21     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#1:2-5.A,8.A,5-7.B");
  22     model.addRange(0, 1, 4, "B");
  23     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#0:1-4.B|#1:2-5.A,8.A,5-7.B");
  24     model.addRange(0, 5, 9, "C");
  25     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#0:1-4.B,5-9.C|#1:2-5.A,8.A,5-7.B");
  26     model.addRange(1, 8, 10, "B");
  27     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#0:1-4.B,5-9.C|#1:2-5.A,8.A,5-10.B");
  28     model.addRange(1, 8, 9, "B");
  29     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#0:1-4.B,5-9.C|#1:2-5.A,8.A,5-10.B");
  30     model.addRange(0, 3, 10, "C"); // subsumes 5-9
  31     assertEquals(model.getAtomSpec(), "#0:1-4.B,3-10.C|#1:2-5.A,8.A,5-10.B");
  32     model.addRange(5, 25, 35, " "); // empty chain code - e.g. from homology
  33                                     // modelling
  34     assertEquals(model.getAtomSpec(),
  35             "#0:1-4.B,3-10.C|#1:2-5.A,8.A,5-10.B|#5:25-35.");
  36
  37   }
  38
  39 }