JAL-1270 separated Jmol and Chimera tests to avoid concurrency problems
[jalview.git] / test / jalview / ext / rbvi / chimera / ChimeraCommandsTest.java
1 package jalview.ext.rbvi.chimera;
2
3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
5
6 import java.awt.Color;
7 import java.util.Arrays;
8 import java.util.LinkedHashMap;
9 import java.util.List;
10 import java.util.Map;
11
12 import org.testng.annotations.Test;
13
14 public class ChimeraCommandsTest
15 {
16   @Test(groups ={ "Functional" })
17   public void testAddColourRange()
18   {
19     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
20     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 2, 4, "A");
21     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 8, 8, "A");
22     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 5, 7, "B");
23     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 1, 3, 5, "A");
24     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 1, 4, "B");
25     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.orange, 0, 5, 9, "C");
26
27     // three colours mapped
28     assertEquals(3, map.keySet().size());
29
30     // Red has two models, Pink and Orange one each
31     assertEquals(2, map.get(Color.red).keySet().size());
32     assertEquals(1, map.get(Color.orange).keySet().size());
33     assertEquals(1, map.get(Color.pink).keySet().size());
34
35     // pink model 1 has two chains, red.0 / red.1 / orange.0 one each
36     assertEquals(2, map.get(Color.pink).get(1).keySet().size());
37     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(0).keySet().size());
38     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(1).keySet().size());
39     assertEquals(1, map.get(Color.orange).get(0).keySet().size());
40
41     // inspect positions
42     List<int[]> posList = map.get(Color.pink).get(1).get("A");
43     assertEquals(2, posList.size());
44     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
45       { 2, 4 }, posList.get(0)));
46     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
47       { 8, 8 }, posList.get(1)));
48
49     posList = map.get(Color.pink).get(1).get("B");
50     assertEquals(1, posList.size());
51     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
52       { 5, 7 }, posList.get(0)));
53
54     posList = map.get(Color.red).get(0).get("B");
55     assertEquals(1, posList.size());
56     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
57       { 1, 4 }, posList.get(0)));
58
59     posList = map.get(Color.red).get(1).get("A");
60     assertEquals(1, posList.size());
61     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
62       { 3, 5 }, posList.get(0)));
63
64     posList = map.get(Color.orange).get(0).get("C");
65     assertEquals(1, posList.size());
66     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
67       { 5, 9 }, posList.get(0)));
68   }
69
70   @Test(groups ={ "Functional" })
71   public void testBuildColourCommands()
72   {
73
74     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
75     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 2, 5, "A");
76     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 7, 7, "B");
77     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 9, 23, "A");
78     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 1, 1, "A");
79     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 4, 7, "B");
80     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 8, 8, "A");
81     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 3, 5, "A");
82     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 3, 5, "A");
83
84     // Colours should appear in the Chimera command in the order in which
85     // they were added; within colour, by model, by chain, and positions as
86     // added
87     String command = ChimeraCommands.buildColourCommands(map).get(0);
88     assertEquals(
89             "color #0000ff #0:2-5.A,9-23.A,7.B|#1:1.A,4-7.B; color #ffff00 #1:8.A,3-5.A; color #ff0000 #0:3-5.A",
90             command);
91   }
92 }