test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

   1 package jalview.ext.rbvi.chimera;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import java.awt.Color;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.LinkedHashMap;
   9 import java.util.List;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class ChimeraCommandsTest
  15 {
  16   @Test(groups ={ "Functional" })
  17   public void testAddColourRange()
  18   {
  19     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  20     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 2, 4, "A");
  21     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 8, 8, "A");
  22     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 5, 7, "B");
  23     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 1, 3, 5, "A");
  24     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 1, 4, "B");
  25     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.orange, 0, 5, 9, "C");
  26
  27     // three colours mapped
  28     assertEquals(3, map.keySet().size());
  29
  30     // Red has two models, Pink and Orange one each
  31     assertEquals(2, map.get(Color.red).keySet().size());
  32     assertEquals(1, map.get(Color.orange).keySet().size());
  33     assertEquals(1, map.get(Color.pink).keySet().size());
  34
  35     // pink model 1 has two chains, red.0 / red.1 / orange.0 one each
  36     assertEquals(2, map.get(Color.pink).get(1).keySet().size());
  37     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(0).keySet().size());
  38     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(1).keySet().size());
  39     assertEquals(1, map.get(Color.orange).get(0).keySet().size());
  40
  41     // inspect positions
  42     List<int[]> posList = map.get(Color.pink).get(1).get("A");
  43     assertEquals(2, posList.size());
  44     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  45       { 2, 4 }, posList.get(0)));
  46     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  47       { 8, 8 }, posList.get(1)));
  48
  49     posList = map.get(Color.pink).get(1).get("B");
  50     assertEquals(1, posList.size());
  51     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  52       { 5, 7 }, posList.get(0)));
  53
  54     posList = map.get(Color.red).get(0).get("B");
  55     assertEquals(1, posList.size());
  56     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  57       { 1, 4 }, posList.get(0)));
  58
  59     posList = map.get(Color.red).get(1).get("A");
  60     assertEquals(1, posList.size());
  61     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  62       { 3, 5 }, posList.get(0)));
  63
  64     posList = map.get(Color.orange).get(0).get("C");
  65     assertEquals(1, posList.size());
  66     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  67       { 5, 9 }, posList.get(0)));
  68   }
  69
  70   @Test(groups ={ "Functional" })
  71   public void testBuildColourCommands()
  72   {
  73
  74     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  75     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 2, 5, "A");
  76     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 7, 7, "B");
  77     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 9, 23, "A");
  78     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 1, 1, "A");
  79     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 4, 7, "B");
  80     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 8, 8, "A");
  81     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 3, 5, "A");
  82     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 3, 5, "A");
  83
  84     // Colours should appear in the Chimera command in the order in which
  85     // they were added; within colour, by model, by chain, and positions as
  86     // added
  87     String command = ChimeraCommands.buildColourCommands(map).get(0);
  88     assertEquals(
  89             "color #0000ff #0:2-5.A,9-23.A,7.B|#1:1.A,4-7.B; color #ffff00 #1:8.A,3-5.A; color #ff0000 #0:3-5.A",
  90             command);
  91   }
  92 }