test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  26 import static org.testng.Assert.assertSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.FeatureColourI;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.bin.Jalview;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  35 import jalview.datamodel.Sequence;
  36 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.io.DataSourceType;
  40 import jalview.io.FileLoader;
  41 import jalview.io.Jalview2xmlTests;
  42 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  43 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  44 import jalview.schemes.FeatureColour;
  45 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  46 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  47 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50
  51 import java.awt.Color;
  52 import java.util.Iterator;
  53
  54 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  55 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  56 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  57 import org.testng.annotations.Test;
  58
  59 public class AlignFrameTest
  60 {
  61   AlignFrame af;
  62
  63   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  64   public void setUpJvOptionPane()
  65   {
  66     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  67     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  68   }
  69
  70   @Test(groups = "Functional")
  71   public void testHideFeatureColumns()
  72   {
  73     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1/01-10", "A---BCDEFG-HIJ");
  74     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2/11-20", "-AB-CDEF--GHIJ");
  75     String METAL = "Metal";
  76     String TURN = "Turn";
  77     seq1.addSequenceFeature(
  78             new SequenceFeature(METAL, "", 1, 5, 0f, null));
  79     seq2.addSequenceFeature(
  80             new SequenceFeature(METAL, "", 16, 20, 10f, null));
  81     seq1.addSequenceFeature(
  82             new SequenceFeature(TURN, "", 2, 4, Float.NaN, null));
  83     seq2.addSequenceFeature(
  84             new SequenceFeature(TURN, "", 17, 19, Float.NaN, null));
  85     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  86     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  87             al.getHeight());
  88
  89     /*
  90      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  91      */
  92     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  93
  94     /*
  95      * hiding a feature not present does nothing
  96      */
  97     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(true, "exon"));
  98     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  99     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 100             .getNumberOfRegions(), 0);
 101
 102     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(false, "exon"));
 103     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 104     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 105             .getNumberOfRegions(), 0);
 106
 107     /*
 108      * hiding a feature in all columns does nothing
 109      */
 110     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(true, METAL));
 111     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 112     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 113             .getNumberOfRegions(), 0);
 114
 115
 116     /*
 117      * threshold Metal to hide features where score < 5
 118      * seq1 feature in columns 1-8 is hidden
 119      * seq2 feature in columns 8-14 is shown
 120      * result: columns 8-14 are hidden
 121      * note this includes gapped columns spanned by the feature
 122      */
 123     FeatureColourI fc = new FeatureColour(Color.red, Color.blue, 0f, 10f);
 124     fc.setAboveThreshold(true);
 125     fc.setThreshold(5f);
 126     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour(METAL, fc);
 127     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, METAL));
 128     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 129     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 130     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 131     assertEquals(regions.next(), new int[] { 7, 13 }); // base 0
 132     assertFalse(regions.hasNext());
 133
 134     /*
 135      * hide a feature present in some columns
 136      * seq1 positions [2-4] are column positions [4-6] base zero
 137      * seq2 positions [17-19] are column positions [10-12] base zero
 138      */
 139     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 140     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, TURN));
 141     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 142             .getHiddenColumns().iterator();
 143     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 144             .getNumberOfRegions(), 2);
 145     assertEquals(regions.next(), new int[] { 4, 6 });
 146     assertEquals(regions.next(), new int[] { 10, 12 });
 147     assertFalse(regions.hasNext());
 148
 149     /*
 150      * hiding a contact feature should only hide start and end positions,
 151      * not the intermediate columns
 152      */
 153     String DISULFIDE = "Disulfide Bond";
 154     seq1.addSequenceFeature(
 155             new SequenceFeature(DISULFIDE, "", 1, 5, 0f, null));
 156     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 157     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, DISULFIDE));
 158     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 159             .iterator();
 160     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 161             .getNumberOfRegions(), 2);
 162     assertEquals(regions.next(), new int[] { 0, 0 });
 163     assertEquals(regions.next(), new int[] { 7, 7 });
 164     assertFalse(regions.hasNext());
 165
 166     /*
 167      * hide multiple feature types:
 168      * TURN columns hides 4-6, 10-12
 169      * DISULFIDE columns hides 0, 7
 170      * combined is { 0-0, 4-7, 10-12 }
 171      */
 172     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 173     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, TURN, DISULFIDE));
 174     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 175             .iterator();
 176     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 177             .getNumberOfRegions(), 3);
 178     assertEquals(regions.next(), new int[] { 0, 0 });
 179     assertEquals(regions.next(), new int[] { 4, 7 });
 180     assertEquals(regions.next(), new int[] { 10, 12 });
 181     assertFalse(regions.hasNext());
 182   }
 183
 184   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 185   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 186   {
 187     /*
 188      * use read-only test properties file
 189      */
 190     Jalview.main(
 191             new String[]
 192             { "-nonews", "-props", "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
 193   }
 194
 195   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 196   public void tearDown()
 197   {
 198     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 199   }
 200
 201   /**
 202    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 203    * for colour Above PID testing
 204    */
 205   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 206   public void setUp()
 207   {
 208     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 209     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 210             Boolean.TRUE.toString());
 211     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 212             DataSourceType.FILE);
 213
 214     /*
 215      * wait for Consensus thread to complete
 216      */
 217     synchronized (this)
 218     {
 219       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 220       {
 221         try
 222         {
 223           wait(50);
 224         } catch (InterruptedException e)
 225         {
 226         }
 227       }
 228     }
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 233    * <ul>
 234    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 235    * colours</li>
 236    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 237    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 238    * Conservation)</li>
 239    * </ul>
 240    */
 241   @Test(groups = "Functional")
 242   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 243   {
 244     AlignViewport av = af.getViewport();
 245     AlignmentI al = av.getAlignment();
 246
 247     /*
 248      * Colour alignment by Buried Index
 249      */
 250     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 251     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 252     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 253     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 254     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 255
 256     /*
 257      * Apply Conservation 20%
 258      */
 259     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 260     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 261     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 262             "label.conservation_colour_increment",
 263             new String[] { "Background" }));
 264     assertTrue(sp.isForConservation());
 265     sp.valueChanged(20);
 266     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 267     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 268
 269     /*
 270      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 271      */
 272     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 273     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 274     assertFalse(sp.isForConservation());
 275     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 276             "label.percentage_identity_threshold",
 277             new String[] { "Background" }));
 278     sp.valueChanged(10);
 279     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 280     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 281     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 282
 283     /*
 284      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 285      * and 40% PID threshold
 286      */
 287     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 288     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 289     sg.setStartRes(15);
 290     sg.setEndRes(25);
 291     av.setSelectionGroup(sg);
 292
 293     /*
 294      * apply 30% Conservation to group
 295      */
 296     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 297     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 298             .toString());
 299     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 300     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 301     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 302     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 303     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 304     assertTrue(sp.isForConservation());
 305     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 306             "label.conservation_colour_increment",
 307             new String[] { sg.getName() }));
 308     sp.valueChanged(30);
 309     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 310     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 311
 312     /*
 313      * apply 40% PID threshold to group
 314      */
 315     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 316     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 317     assertFalse(sp.isForConservation());
 318     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 319             "label.percentage_identity_threshold",
 320             new String[] { sg.getName() }));
 321     sp.valueChanged(40);
 322     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 323     // conservation threshold is unchanged:
 324     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 325     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 326
 327     /*
 328      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 329      * should be unaffected
 330      */
 331     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 332     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 333     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 334     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 335     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 336     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 337     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 338     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 339     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 340
 341     /*
 342      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 343      * - group colour should change, but not colour thresholds
 344      */
 345     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 346     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 347     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 348     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 349     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 350     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 351     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 352     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 353     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 354     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 355   }
 356
 357   /**
 358    * Test residue colouring with various options
 359    * <ol>
 360    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 361    * <li>colour by Conservation applied</li>
 362    * <li>colour by Conservation removed</li>
 363    * <li>colour above PID - various values</li>
 364    * <li>colour above PID removed</li>
 365    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 366    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 367    * <li>re-add Above PID</li>
 368    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 369    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 370    * </ol>
 371    */
 372   @Test(groups = "Functional")
 373   public void testColourThresholdActions()
 374   {
 375     AlignViewport av = af.getViewport();
 376     AlignmentI al = av.getAlignment();
 377
 378     /*
 379      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 380      */
 381     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 382     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 383     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 384     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 385     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 386
 387     /*
 388      * inspect the colour of
 389      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 390      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 391      */
 392     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 393     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 394     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 395     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 396     assertEquals(c, i_original);
 397     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 398     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 399     assertEquals(c, s_original);
 400
 401     /*
 402      * colour by conservation with increment 10
 403      */
 404     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 405     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 406     assertTrue(sp.isForConservation());
 407     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 408     sp.valueChanged(10);
 409     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 410     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 411     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 412     assertEquals(c, i_faded);
 413     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 414     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 415     assertEquals(c, s_faded);
 416
 417     /*
 418      * deselect By Conservation - colour should revert
 419      */
 420     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 421     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 422     assertEquals(c, s_original);
 423
 424     /*
 425      * now Above PID, threshold = 0%
 426      * should be no change
 427      */
 428     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 429     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 430     assertFalse(sp.isForConservation());
 431     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 432     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 433     assertEquals(c, i_original);
 434     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 435     assertEquals(c, s_original);
 436
 437     /*
 438      * Above PID, threshold = 1%
 439      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 440      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 441      */
 442     sp.valueChanged(1);
 443     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 444     assertEquals(c, Color.white);
 445     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 446     assertEquals(c, s_original);
 447
 448     /*
 449      * threshold 66% - no further change yet...
 450      */
 451     sp.valueChanged(66);
 452     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 453     assertEquals(c, Color.white);
 454     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 455     assertEquals(c, s_original);
 456
 457     /*
 458      * threshold 67% - now both residues are white
 459      */
 460     sp.valueChanged(67);
 461     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 462     assertEquals(c, Color.white);
 463     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 464     assertEquals(c, Color.white);
 465
 466     /*
 467      * deselect Above PID - colours should revert
 468      */
 469     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 470     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 471     assertEquals(c, i_original);
 472     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 473     assertEquals(c, s_original);
 474
 475     /*
 476      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 477      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 478      * 16.S is coloured but faded
 479      */
 480     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 481     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 482     assertFalse(sp.isForConservation());
 483     sp.valueChanged(50);
 484     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 485     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 486     assertTrue(sp.isForConservation());
 487     sp.valueChanged(10);
 488     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 489     assertEquals(c, Color.white);
 490     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 491     assertEquals(c, s_faded);
 492
 493     /*
 494      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 495      */
 496     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 497     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 498     assertEquals(c, i_faded);
 499     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 500     assertEquals(c, s_faded);
 501
 502     /*
 503      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 504      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 505      */
 506     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 507     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 508     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 509     assertEquals(c, Color.white);
 510     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 511     assertEquals(c, s_faded);
 512
 513     /*
 514      * turn off By Conservation
 515      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 516      */
 517     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 518     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 519     assertEquals(c, Color.white);
 520     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 521     assertEquals(c, s_original);
 522
 523     /*
 524      * finally turn off Above PID to leave original colours
 525      */
 526     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 527     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 528     assertEquals(c, i_original);
 529     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 530     assertEquals(c, s_original);
 531   }
 532
 533   /**
 534    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 535    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 536    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 537    * project save and reload.
 538    *
 539    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 540    */
 541   @Test(groups = "Functional")
 542   public void testNewView_colourThresholds()
 543   {
 544     AlignViewport av = af.getViewport();
 545     AlignmentI al = av.getAlignment();
 546
 547     /*
 548      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 549      */
 550     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 551     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 552     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 553     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 554     assertFalse(sp.isForConservation());
 555     sp.valueChanged(10);
 556     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 557     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 558     assertTrue(sp.isForConservation());
 559     sp.valueChanged(20);
 560     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 561     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 562     assertTrue(rs.conservationApplied());
 563     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 564
 565     /*
 566      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 567      * and 40% PID threshold
 568      */
 569     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 570     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 571     sg.setStartRes(15);
 572     sg.setEndRes(25);
 573     av.setSelectionGroup(sg);
 574     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 575     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 576             .toString());
 577     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 578     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 579     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 580     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 581     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 582     assertTrue(sp.isForConservation());
 583     sp.valueChanged(30);
 584     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 585     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 586     assertFalse(sp.isForConservation());
 587     sp.valueChanged(40);
 588     rs = sg.getGroupColourScheme();
 589     assertTrue(rs.conservationApplied());
 590     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 591     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 592
 593     /*
 594      * set slider panel focus to the background alignment
 595      */
 596     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 597     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 598     assertTrue(sp.isForConservation());
 599     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 600             "label.conservation_colour_increment",
 601             new String[] { "Background" }));
 602
 603     /*
 604      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 605      */
 606     af.newView_actionPerformed(null);
 607     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 608     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 609     assertNotSame(av, av2);
 610     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 611     rs = av2.getResidueShading();
 612     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 613     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 614     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 615     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 616     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 617     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 618     rs = sg.getGroupColourScheme();
 619     assertTrue(rs.conservationApplied());
 620     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 621     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 622
 623     /*
 624      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 625      * and updates the new view (JAL-2385)
 626      */
 627     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 628     assertTrue(sp.isForConservation());
 629     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 630             "label.conservation_colour_increment",
 631             new String[] { "View 1" }));
 632     sp.valueChanged(22);
 633     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 634   }
 635 }